Ketidakberuntungan Inter bersama Zanetti berlanjut di musim berikutnya. Pada musim 2011-2012, Inter gagal meraih satu gelarpun dan untuk pertama kalinya sejak tahun 2002 inter tidak lolos ke Liga Champion dan hanya berlaga di Europa League. Belum lagi, dimusim tersebut Inter tercatat tiga kali mengganti pelatih, dibeberapa laga awal Inter dilatih oleh Gian Piero Gasperini, belum setengah musim melatih Inter, Gasperini dipaksa angkat kaki dari Inter dan posisinya diganti oleh Claudio Raneri. Bersama Ranieri pun tidak berjalan lama. Hanya 4 bulan bersama Inter, Ranieri didepak dan diposisinya pun diganti oleh Andrea Stramaccioni, yang waktu itu melatih Inter primavera. Stramaccioni pun menjadi pelatih Inter pada musim 2012-2013. Hasilnya? Sama dengan pelatih terdahulu satu setengah musim bersama Inter Stramaccioni gagal membawa Inter meraih satu gelar pun dan posisinya pun dilengser dan digantikan oleh Walter Mazzari.
Bisa dikatakan musim 2012-2013 adalah musim yang sangat sial untuk Zanetti, selain kegagalan Inter, pada tanggal 28 April 2013, setelah ditekuk oleh Palermo pada lanjutan Liga Italia Musim 2012/2013, Zanetti harus merima kenyataan pahit lainnya, ia ditarik keluar lapangan karena mengalami cedera tendo achilles akibat berbenturan dengan pemain Palermo Salvatore Aronica. Perkiraan awal Zanetti harus istirahat panjang yakni selama 8 bulan, namun dugaan tersebut tidak tepat, karena pada pekan ke 12 liga Italia, pada tanggal 9 November 2013 saat menjamu Livorno, Zanetti melakukan comebacknya setelah beristirahat setelah mengalami cedera, bahkan Zanetti menjadi inspirator dengan Inter, yang mana pada laga tersebut inter menang dengan skor 2-0.
Bagaimana tanggapan Zanetti mengenai melorosotnya prestasi Inter dalam kurun waktu 3 musim terakhir dan bagaiman juga ia menanggapi cidera yang dia alami pada musim lalu? Banyak pihak yang mengatakan bahwa kegagalan inter ini akibat masih bergantungnya Inter kepada sosok Jose Mourinho dan kegagalan transfer pemain yang bisa dikatakan asal - asalan. Zanetti punya pandangan lain mengenai hal tersebut. Zanetti mengakui, Mourinho merupakan pelatih hebat yang pernah ia temui namun disisi lain ketidakberuntungan dan bangkitnya klub - klub seri A lainnya menjadi faktor kegagalan inter. Zanetti menyebut inter masih tertidur paska treble dimana tim lain telah bangun dan membangun kekuatan penuh. Selain itu, krisis finansial yang dihadapi oleh Inter ikut berpengaruh, sehingga dalam setiap mengincar pemain incara, hasilnya tidak maksimalNamun Zanetti tetap berkeyakinan bahwa setelah melewati fase sulit ini, Inter secepatnya akan kembali kejalur yang seharusnya dilalui inter, yakni jalur kemenangan. Berbicara mengenai cedera yang dialami musim lalu, bagi Zanetti sudah tidak masalah lagi, sekarang dia merasa jauh lebih baik dari sebelumnya
Kedatangan investor baru di Inter disambut positif oleh Zanetti. Bagi Zanetti kehadiran Erick Thohir yang sekarang menjadi Presiden Inter diharapkan mampu membawa angin segar bagi Inter. Dan Zanetti berharap Ketika diminta membandingkan antara Massimo Moratti dan Erick Thohir, Zanetti tak bisa membandingkan. Baginya, Moratti telah menorehkan tinta emas dalam sejarah panjang Inter dan untuk Thohir, masa depan inter ada ditangannya. Berbicara mengenai pencapaian Inter musim ini yang akan segera berakhir, Zanetti menyebut musim ini Inter lebih “mendingan”, menurutnya satu tempat di League Europa berhak Inter miliki. Kemudian bagaimana pandangannya mengenai pelatih Inter saat ini, Walter Mazzari? Menurut Zanetti, Mazzari adalah pelatih pintar dan sangat berkarakter. Mazzari juga sering berdiskusi mengenai taktik dan gaya bermain kepada para pemain. Mazzari juga merupakan sosok terbuka dan tidak pernah tertutup kepada pemain. Satu hal yang sedikit disesali oleh Zanetti musim ini ialah mengenai Henanes, playmaker anyar yang didatangkan dari Lazio di bulan Januari lalu. Zanetti berujar, jika saja Hernanes didatangkan diawal musim, mungkin ceritanya bisa berbeda, bagi Zanetti, Hernanes merupakan salah satu dari lima playmaker terbaik didunia dan jelas Inter sangat membutuhkan pemain sekaliber Hernanes yang bisa membuat perubahan tanpa diduga - duga. Dan juga Zanetti berbicara mengenai Nemanja Vidic yang musim depan akan memperkuat Inter. Menurut Zanetti, kehadiran Vidic tentu saja sangat dibutuh oleh Inter. Zanetti berujar Tidak ada yang diperlukan lagi dari seorang Nemanja Vidic, baik itu mengenai skillnya, karakter dan kharisma yang dimilikinya. Menjadi kapten tim disebuah tim sekaliber Manchester United tentu orang tersebut memiliki sesuatu yang spesial dibanding pemain lainnya. Dan Zanetti pun berharap kehadiran Vidic dimusim depan bisa memberi pengaruh positif untuk Inter yang ia tunjukkan selama memperkuat MU.
Dihormati kawan, disegani lawan.
Berbicara mengenai sosok Zanetti, tentu saja tidak bisa dari sosok pesepak bola profesional dengan segala tingka laku positifnya. 19 tahun berkarir hanya mendapatkan dua kartu merah. Tidak pernah memprovokosi lawan, tidak protes berlebih kepada wasit dan selalu mengharagi keputusan wasit. Selalu menjaga sikap, baik didalam lapangan maupun diluar lapangan. Memiliki rumah tangga yang sangat harmonis dan cintanya hanya untuk seorang wanita bernama Paula hingga tidak pernah terdengar kabar Zanetti selingkuh dengan wanita lain. Belum lagi jika membahas tentang totalitas dan loyalitasnya untuk Inter. 19 tahun hanya memperkuat satu klub, yaitu Internazionale. Yang lebih spesial lagi Zanetti bukanlah orang Italia melain seorang Argentina yang telah menghabiskan hampir setengah karirnya profesional dengan memperkuat klub Italia.
Dari sederet profil yang sangat positif diatas, jelaslah bahwa Zanetti mendapatkan respek dan rasa hormat dari teman maupun lawannya dilapangan hijau.
Berikut ini beberapa komentar mengenai Zanetti dari insan sepak bola dunia yang dihimpun dari beberapa sumber
“Javier, dengan semua cinta dan kekaguman dari saya untuk karir besar Anda yang begitu luar biasa. Sebuah pelukan hangat” (Xavi Hernandez)
"Saya selalu mengaguminya. Dia adalah referensi bagi peran saya sekarang," Sejak kali pertama bersama di Piala Dunia 2002 di Korea-Jepang, kami sudah memiliki sebuah hubungan yang baik." "Saya masih ingat bagaimana saya meminta kaosnya dan dia memberikannya kepada saya. Ini adalah sikap yang luar biasa dan ini menjadi ingatan terbaik saya padanya." (Pablo Zabaleta)
“Dia merupakan lawan tersulit yang pernah saya hadapi. Ia sangat mengesankan dengan kualitas, kecepatan, kekuatan, keceradasan dan keahlian yang dimilikinya. Saya menghadapinya lebih dari dua kali dan ia menjadi lawan saya yang tertangguh, seorang pemain yang sangat komplit” (Ryan Giggs)
