Hasil dari berbagai macam perubahan pada masa manusia modern di Indonesia adalah, terbentuknya dua kerajaan besar yang wilayah kekuasaannya tersebar di berbagai pulau di Indonesia. Kerajaan Sriwijaya dan Majapahit merupakan kerajaan terbesar dan terkuat pada saat itu di Indonesia, kerajaan Sriwijaya terkenal dengan armada laut yang kuat dan juga menguasai beberapa wilayah di Indonesia. Sedangkan kerajaan Majapahit, terkenal dengan daerah kekuasaan laut dan pantai-pantai di Indonesia. Selain itu, Majapahit juga memiliki hubungan politik dengan bangsa-bangsa lain di Asia Tenggara, seperti Campa, Kamboja, Siam, Vietnam, dan Birma Selatan.
Meski pun Sriwijaya dan Majapahit sama-sama memiliki banyak daerah kekuasaan, akan tetapi kedua kerajaan tersebut berbeda dalam bidang berpolitik. Kerajaan Sriwijaya ikut campur tangan dalam mengurusi birokrasi seluruh wilayah jajahan atau kekuasaannya, hal ini sangat berbanding terbalik dengan kerajaan Majapahit yang hanya memonopoli perdagangan di wilayah kekuasaannya saja. Maka Ricklefs beranggapan bahwa, Majapahit merupakan kerajaan agraris dan juga kerajaan pedagang yang besar.
Selain kerajaan Sriwijaya dan Majapahit, kerajaan Malaka juga merupakan kerajaan yang berpengaruh sangat penting dalam perdagangan dunia. Menurut Ricklefs, kerajaan Malaka di dirikan oleh seorang pangeran Palembang yang kabur dari penyerangan Majapahit pada abad ke-14. Setelah berhasil kabur ke wilayah Malaka pangeran Palembang tersebut diduga mendirikan kerajaan Malaka dan juga membangun pelabuhan yang terletak dibagain paling sempit Selat Malaka, namun perihal ini masih menjadi perdebatan. Kerajaan Malaka berhasil membangun pelabuhan internasional terbesar di Asia Tenggara dengan bantuan dari para perompak untuk menarik kapal-kapal yang melawati Malaka agar dapat bersandar dan membayar pajak pelabuhan Malaka, dan pada akhirnya menjadi pusat perdagangan di Asia Tenggara karena kerajaan Malaka dapat menyediakan fasilitas untuk para pedagang yang melakukan kegiatan perdagangan disana. Selain meminta bantuan para perompak, kerajaan Malaka juga meminta bantuan Cina untuk dapat mengamankan Malaka dari ancaman Siam. Untuk dapat memfasilitasi dan menghidupi para pedagang dan masyarakat Malaka sendiri, kerajaan Malaka mengimpor sejumlah bahan makanan dari Indonesia karena Malaka sendiri tidak memiliki hasil bumi untuk di perjual belikan. Maka tidak heran di sejumlah daerah di Malaka terdapat perkampungan pedagang yang berasal dari Tuban, Gresik, Surabaya, Jepara, dan Palembang.
Dari pernyataan tentang adanya perkampungan pedagang-pedagang Indonesia di Malaka, dapat di pastikan bahwa wilayah-wilayah di sekitaran pantai utara Jawa sudah melakukan perdagangan internasional dan juga adanya kedatangan bangsa-bangsa asing ke Indonesia untuk membeli rempah-rempah di pusat penghasilnya. Bukti dari bangsa asing telah membeli rempah-rempah langsung di pusat penghasilnya ialah, adanya perkampungan Cina di dearah Lasem, Rembang.
Selain wilayah-wilayah pantai utara Jawa, daerah Jawa Barat juga tidak luput di datangi oleh para pedagang asing. Banten yang terkenal sebagai penghasil merica menjadi kota yang sering di datangi oleh para pedagang dari Portugis, Cina, Arab, Turki, Gujarat, dan Malabar. Sama halnya dengan Malaka, Banten juga menyediakan fasilitas untuk para pedagang-pedagang asing disana, umumnya masyarakat Banten menjual berbagai macam bahan makanan seperti beras, sayuran, buah-buahan, gula, daging, dan ikan. Selain itu masyarakat Banten juga menjual barang-barang logam. Dengan ramainya aktifitas perdagangan di Banten, Banten menjadi salah satu pusat perdagangan di Indonesia dan membuat kerajaan Banten memasuki masa-masa kejayaannya.
Kabar tentang adanya kegiatan perdagangan rempah-rempah di Malaka dan Banten terdengar hingga Eropa, rempah-rempah sangat lah dibutuhkan di Eropa karena pada saat musim dingin bangsa Eropa harus mengawetkan persedian dagingnya untuk tetap bertahan hidup, maka dari itu peran rempah-rempah di Eropa sangat lah penting dalam pengawetan makanan. Pada awal abad ke-16 Portugis menjadi bangsa pertama yang melakukan pelayaran ke Timur untuk mencari pusat rempah-rempat. Dengan berbekal pengetahuan geografi dan astronomi yang sangat baik, bangsa Portugis melakukan pelayaran menuju Asia. Mencari rempah-rempah bukan lah tujuan utama dari Portugis, melainkan 3G (gold, glory,gospel). Pada tahun 1497, Vasco da Gama yang memimpin pelayaran Portugis berhasil sampai di India. Sesampainya di India, Portugis membeli rempah-rempah dari India dengan jumlah banyak dan membawanya kembali ke Eropa. Setelah kembali dari India, bangsa Portugis ingin mencari tau dari mana rempah-rempah yang dijual di India berasal, tujuannya agar mereka dapat membeli secara langsung dari pusat penghasil rempah-rempah tersebut dan membelinya dengan harga yang murah, sehingga mereka dapat menjualnya kembali di Eropa dan dengan mudah memonopoli perdagangan rempah-rempah di Eropa.
Pada tahun 1503, Afonso de Albuquerque dan pasukannya berlayar kembali menuju India, kali ini tujuan Portugis bukan untuk membeli rempah-rempah di India melainkan untuk menjajah India. Hingga pada tahun 1510 Albuquerque berhasil menguasai Goa yang merupakan pantai barat di wilayah India, Portugis menjadikan Goa sebagai pangkalan militer dan dagang Portugis. Setelah berhasil menduduki Goa, usaha Portugis untuk menguasai perdagangan di Asia tidak berhenti sampai disitu saja. Portugis yang mendapat kabar bahwa Malaka merupakan pusat perdagangan terbesar se-Asia Tenggara, langsung berlayar menuju Malaka dengan membawa 1200 pasukan dan 18 kapal. Sesampainya di Malaka, Portugis langsung mendapat perlawanan dari kerajaan Malaka, namun Portugis berhasil mengungguli Malaka. Kerajaan Malaka pada saat itu sedang mengalami masalah internal kerajaan, sehingga membuat pasukan Portugis dengan mudah mengalakan mereka. Padahal pada saat itu, Malaka sudah dilengkapi dengan senjata-senjata yang sudah cukup cangih untuk mengalahkan pasukan Portugis namun karena Sultan Mahmud yang pada saat itu menjabat sebagai raja dari kerajaan Malaka sedang mengalami konflik dengan anaknya Sultan Ahmad, hal ini tentu saja sangat menggangu konsentrasi Sultan Mahmud dalam melawan Portugis. Setelah berhasil menduduki Malaka, Albuquerque memerintahkan kapal-kapalnya untuk mencari pulau penghasil rempah-rempah yang ada di sekitaran Malaka dan juga mempersiapkan diri jika kembali mendapat perlawanan dari pasukan Malaka. Menurut Ricklefs dalam buku Sejarah Asia Tenggara "Dari Masa Prasejarah Hingga Kontemporer", salah satu penyebab runtuhnya Malaka adalah, penyerangan yang dilakukan oleh kerajaan Aceh. Ricklefs menambahkan, Aceh memiliki ambisi besar untuk mengantikan posisi Malaka sebagai pusat perdagangan di Asia Tenggara.
Setelah berhasil menduduki Malaka, Portugis malah mengalami masalah internal yang dulu sempat di alami oleh kerajaan Malaka yaitu kurangnya bahan makan untuk sehari-hari, karena wilayah Malaka sendiri tidak terdapatnya sumber bahan makanan sehingga Portugis harus mengimpor bahan-bahan makanan dari Indonesia. Selain masalah kebutuhan sehari-hari yang tidak dapat di dapatkan di wilayah Malaka, banyak dari orang-orang Portugis di Malaka yang korupsi sehingga membuat organisasi dagang Portugis mengalami kerugian. Sementara itu, pedagang-pedagang lain yang sebelumnya berdagang di Malaka lebih memilih berdagang di Aceh dan wilayah Indonesia lainnya, karena ingin menghindari monopoli yang di berlakukan Portugis.
Portugis pun akhirnya meninggalkan Malaka, karena mereka menganggap Malaka malah membawa kerugian bagi mereka. Hingga akhirnya kapal-kapal yang diutusan oleh Albuquerque menemukan pulau penghasil rempah-rempah yang selama ini mereka cari, yaitu Maluku. Sesampainya Portugis di Maluku pada tahun 1512, Portugis membantu pasukan setempat dalam peperangan dan juga membeli rempah-rempah dari Maluku sehingga mereka berhasil mendapatkan sambutan yang baik masyarakat Maluku. Kerajaan Ternate yang pada saat itu sedang bersitegang dengan kerajaan Tidore, meminta bantuan Portugis untuk dibuatkan sebuah benteng yang dapat menahan serangan dari kerjaan lain, sebagai imbalannya Portugis bebas melakukan monopoli terhadap hasil bumi Ternate. Berbanding terbalik dengan kerajaan Ternate, kerajaan Tidore malah meminta dukungan dari Spanyol untuk menghadapi Ternate. Akan tetapi Spanyol pada periode ini bukan lah sebuah bangsa yang besar, karena Spanyol tidak menghasilkan apapun. Keberadaan Portugis di Ternate tidak bertahan lama, karena Portugis menyebarkan Agama Kristen dan berkelakuan kasar terhadap masyarakat Ternate, orang-orang Portugis pun di usir dari Ternate.
 Portugis bisa dikatakan gagal dalam menguasai perdagangan di Asia Tenggara, karena mereka lebih mementingkan Gospel atau penyebaran agama Kristen ketimbang melakukan monopoli perdagangan di Asia Tenggara. Hal ini terlihat jelas dari persebaran agama Kristen di Indonesia bagian Timur yang sangat luas dan juga penggunaan nama-nama Portugis di wilayah Timur Indonesia.
Setelah kembalinya Portugis ke Eropa, giliran Belanda yang berkeinginan untuk memonopi perdagangan di Eropa dengan mendatangi Indonesia yang merupakan pusat dari rempah-rempah. Belanda mengetahui segalanya tentang Indonesia dan jalur perdagangan Asia Tenggara, meski pun pada saat itu Portugis merahasiakan segala macam informasi tentang perdagangan di Asia Tenggara. Akan tetapi rahasia tersebut bocor karena, beberapa orang Belanda yang bekerja untuk pelayaran Portugis menuliskan buku tentang segala macam informasi tentang Asia Tenggara lengkap bersama peta-petanya.
