Lulus dari ELS, studinya berlanjut di Hogere Burger School (HBS) di Semarang, lalu berpindah ke Bandung. Pendidikan setingkat SMP dan SMA ditamatkan tahun 1931.Â
Setelahnya, Sultan HB IX berkuliah di Rijkuniversiteit (sekarang Universiteit Leiden), Belanda, mengambil jurusan Indologie atau ilmu tentang Indonesia, dan jurusan Ekonomi.
Masuk ke bagian ruangan lain dari Museum Sultan HB IX, terpajang banyak benda-benda yang dahulu pernah digunakan beliau. Seperti baju, perlengkapan makan, berbagai atribut pramuka, buku, kamera, barang-barang antik, hingga pelana kuda.Â
Selain itu juga ada banyak foto dan dokumen penting seperti dokumen yang berkaitan dengan keterlibatan Sri Sultan dalam politik Indonesia.
Meskipun pada masa Kemerdekaan, Kraton Jogja bisa berdaulat sendiri, namun Sultan HB IX memutuskan untuk bergabung dengan Indonesia.Â
Di dalam museum tersebut terdapat maklumat penggabungan wilayah Yogyakarta dengan Indonesia. Yogyakarta menjadi wilayah resmi negara Indonesia dan menjadi provinsi istimewa.Â
Maklumat ini menjadi alasan utama mengapa Yogyakarta yang saat itu sudah memiliki kepemimpinan, bersedia bergabung di Indonesia.
Tidak hanya bergabung, namun Sultan HB IX juga dengan tulus ikhlas membantu NKRI yang masih belum stabil saat itu. Sultan HB IX yang pada awal kemerdekaan mengusulkan pemindahan ibu kota negara dari Jakarta ke Yogyakarta.Â
Saat itu, situasi Jakarta sangat terdesak karena kedatangan sekutu. Bahkan selama masa Agresi Militer II Belanda Sri Sultan Hamengku Buwono IX menggunakan dana pribadinya (dari istana Yogyakarta) untuk membayar gaji pegawai republik yang tidak mendapat gaji.
