Di samping ciri khas dan sifat-sifat ini, ia mempunyai bakat yang sempuma dalam organisasi dan pemerintahan. Ketika partai 'Utsmani mulai menyebarkan kuman kehancuran di Mesir dan berusaha mengacaukan hukum dan tata tertib negeri itu dengan kemungkaran dan pemberontakan, Amirul Mukminin menarik Muhammad ibn Abu Bakar dari kedudukannya sebagai gubemur dan mengangkat Malik al-Asytar sebagai gantinya, walaupun pada waktu itu ia menjabat sebagai Gubernur Nâshibîn. Amirul Mukminin mengirimkan pesan kepadanya bahwa ia harus menunjuk seseorang sebagai wakilnya di Nâshibîn lalu datang kepada Amirul Mukminin. Ketika mendengar perintah itu Malik menunjuk Syabib ibn 'Amir al-'Azdi menjadi wakilnya dan dia sendiri pergi kepada Amirul Mukminin. Amirul Mukminin memberikan kepadanya surat pengangkatan dan mengirimkannya ke Mesir, dan mengirimkan pula sepucuk perintah tertulis kepada orang Mesir untuk menaatinya. Ketika Muawiyah mendengar kabar tentang pengangkatan Malik al-Asytar melalui mata-matanya, ia menjadi bingung karena ia telah menjanjikan kepada 'Amr ibn al-Ash bahwa ia akan memberikan kepadanya jabatan gubernur Mesir sebagai upah atas pengabdiannya dan ia berharap bahwa 'Amr ibn al-'Ash akan dapat mengalahkan Muhammad ibn Abu Bakar dengan mudah lalu merebut kekuasaan darinya. Tetapi ia tak dapat membayangkan akan menaklukkan Mesir dengan mengalahkan Malik al-Asytar. Karena itu ia memutuskan akan menyingkirkannya sebelum ia mengambil alih kekuasaan. Untuk itu ia bersekongkol dengan seorang tuan tanah di kota 'Arisy bahwa bilamana Malik lewat di 'Arisy dalam perjalanannya ke Mesir, hendaklah ia membunuhnya dengan sesuatu siasat. Sebagai upahnya, hasil pendapatan dari kekayaannya tidak akan dipunguti pajak. Maka ketika Malik sampai di 'Arisy bersama pengantar dan pasukannya, tuan tanah itu menyambut rombongan itu dan mendesak supaya Malik menjadi tamunya. Malik menerima tawaran itu lalu menjadi tamu di tempatnya. Setelah makan, tuan rumah itu menyajikan minuman sirup madu yang telah dicampuri racun. Setelah meminumnya Malik segera menunjukkan efeknya, dan di hadapan mata setiap orang itu juga pejuang besar yang terkenal dalam keahliannya memegang pedang dan membingungkan barisan musuh itu meninggal dunia dengan tenang.
Ketika mendengar kabar tentang keberhasilan siasat itu, Mu'awiah sangat bersukacita dan berseru ria, "Oh, madu pun adalah tentara Allah," kemudian ia berpidato, yang di antara isinya,
"'Ali ibn Abi Thalib mempunyai dua tangan kanan. Yang satu telah diputuskan di Shiffin, yakni 'Ammar ibn Yasir, dan yang kedua sekarang telah diputuskan, yakni Malik al-Asytar."
Tetapi, ketika kabar pembunuhan Malik sampai kepada Amirul Mukminin, ia sangat berdukacita dan sedih, lalu ia berkata,
"Malik! Siapakah Malik? Apabila Malik adalah batu, ia keras dan padat; apabila ia karang, ia karang besar yang tiada taranya. Nampaknya seakan kematiannya telah menjadikan saya tak bernyawa. Saya bersumpah demi Allah bahwa kematiannya membuat orang Suriah bersukaria dan menyakiti orang 'Iraq."
Kemudian ia melanjutkan,
"Kaum wanita telah mandul untuk melahirkan yang seperti Malik." (ath-Thabari, I, h. 3392-3395; Ibn Atsir, III, h. 352-353; al-Ya'qubi, II, h. 194; al-Istî'âb, III, h. 1366; Ibn Abil Hadid, VI, h. 74-77; Ibn Katsir, VII, h. 313-314;Abul Fida',I,h. 179)