Sebaliknya, apabila permasalahan komunikasi dalam organisasi tidak segera diatasi dan dikelola dengan baik, maka hal ini dapat menghambat tercapainya tujuan organisasi.
Masalah yang sering timbul dalam organisasi adalah masalah hubungan antar anggota ataupun kelompok sehingga dalam penyelesaiannya dibutuhkan sosok pemimpin yang memiliki kemampuan dalam mengatasi masalah-masalah dalam organisasi dan memiliki kemampuan dalam mengambil manfaat dari masalah-masalah yang ada sehingga efektivitas dan produktivitas kinerja organisasi lebih meningkat.
Sebelumnya telah disebutkan bahwa adanya konflik dalam organisasi membawa dampak baik positif maupun negative. Dampak positif yang ditimbulkan oleh konflik adalah dengan adanya konflik dalam organisasi menyebabkan orang-orang untuk mengubah cara-cara dalam berperilaku dan dalam melaksanakan tugas-tugan  yang ada. Konflik memicu terjadinya perubahan positif dalam organisasi melalui bagaimana cara menyelesaikan masalah.  Konflik memicu macam-macam pendapat berupa masukan-masukan yang digunakan untuk berbagai macam kepentingan dalam organisasi. Konflik yang disebabkan oleh persaingan menimbulkan suasana kompetitif dalam organisasi sehingga mendorong anggota termotivasi untuk memenangkan kompetisis atau persaingan dengan memberikan  upaya terbaiknya. Suasana kompetitif inisangat dibutuhkan dalam organisasi.
Selanjutnya adalah efek negatif yang ditimbulkan oleh konflik dalam organisasi antara lain berupa terhambatnya komunikasi karena konflik menimbulkan rasa tidak enakan kepada  anggota lain, menyebabkan adanya disintegrasi, menimbulkan suasana tegang antar anggota baik secara individu maupun kelompok, gangguan komunikasi dapat menghambat Kerjasama antar individu, mengacaukan perhatian yang harusnya ditujukan kepada tujuan organisaso dan tidak berlarut-larut dalam penyelesaian konflik. Selain itu, konflik juga menyebabkan efek psikologikal anggota organisasi. Efek psikologikal yang ditimbulkan mempengaruhi hubungan antar-anggota untuk memberikan kepercayaan kepada orang lain dan mengganggu Kerjasama dalam organisasi. Terganggunya psikologi anggota juga menyebabkan kualitas produk atau hasil kerja anggota organisasi menjadi kurang berkualitas.
Kegiatan dalam mengatasi masalah-masalah  dalam organisasi antara lain mencakup mencegah terjadinya konflik dalam organisasi pada anggota maupun pada lomponen lainnya, mengurangi dan menekan konflik, serta menyelesaikan konflik dengan baik. Mencegah terjadinya konflik dalam organisasi dilakukan dengan cara menanamkan pemikiran kepada anggota organisasi  bahwa tujuan organisasi lebih penting disbanding tujuan kelompok atau unit, membuat struktur tugas seperti proyek yang bersifat stabil dan dapat diramalkan, tidak melakukan Tindakan perlombaan yang dapat memicu situasi menang kalah yang dapat menyinggung dan menghancurkan pihak lain, dan komunikasi antar anggota dari setiap unit perlu ditingkatkan dan dikembangkan sehingga koordinasi dalam organisasi lebih baik lagi.
Tindakan menekan dan mengurangi terjadinya konflik dalam organisasi dilakukan Ketika konflik yang terjadi sudah berada dalam tingkat yang tinggi dan bersifat merusak diikuti dengan tingkat kerja pada tiap anggota, bagian atau unit berkurang produktivitasnya sehingga pencapaian tujuan pun terhambat.
 Cara untuk mengurangi dan menekan terjadinya konflik dalam organisasi adalah dengan meningkatkan interaksi antar anggota, memisahkan anggota yang berlawanan, membuat dan menerapkan peraturan kerja yang kuat dan berdasar, melakukan negosiasi antar anggota yang berlawanan, berkonsultasi pada pihak ketiga yang lebih berpengalaman dalam menyelesaikan masalah-masalah keorganisasian terutama dalam hal komunikasi antar anggota, pergantian jabatan, melakukan job training atau pelatihan pekerjaan, serta membawa tujuan pada tingkat yang lebih tinggi. Membawa tujuan pada tingkat yang lebih tinggi dapat mengalihkan perhatian para anggota yang terlibat dalam masalah dari tujuan pribadi menjadi tujuan bersama.
Selain itu, permasalahan komunikasi yang berbeda maka penyelesaiannya pun berbeda. Pengelolaan konflik dilakukan tergantung pada jenis masalah apa yang sedang terjadi. Untuk meningkatkan komunikasi antar anggota organisasi, dapat  dilakukan diskusi terkait permasalahan dan isu-isu yang berkaitan dengan masalah yang sedang dihadapi. Diskusi dilakukan dengan mengumpulkan  anggota untuk mengetahui kebutuhan-kebutuhan apa saja yang diperlukan untuk mengatasi masalah yang terjadi. Dalam hal ini, masalah atau konflik yang terjadi merupakan tanggung jawab bersama dan semua pihak harus Bersama-sama mencari solusi permasalahannya. Diskusi dilakukan untuk para anggota yang saling percaya satu sama lain dan memiliki komiteman yang tinggi dalam menyelesaikan masalah serta apabila masalah memiliki nilai yang tinggi jika dapat terselesaikan.
Menanamkan kepentingan bersama dan tujuan bersama merupakan salah satu upaya yang dapat dilakukan oleh seorang pemimpin dalam memperkecil adanya perbedaan diantara anggota organisasi yang bertentangan  sehingga  tujuan organisasi tidak terhambat dan tidak ada keberpihakan pada satu kelompok. Menyelesaikan masalah dengan menanamkan  bahwa tidak ada yang menang atau yang kalah dalam sebuah penyelesaian masalah.
Menyelesaikan masalah komunikasi dalam organisasi juga dapat dilakukan oleh pemimpin dengan cara menggunakan wewenangnya atau secara eksekutif memaksa anggota organisasi dibawahnya untuk menghentikan pertentangan. Menyelesaikan masalah dengan cara eksekutif bersifat kurang efektif karena tidak menyelesaikan masalah hingga dasarnya karena bisa saja masalah yang tidak terselesaikan ini timbul lagi.
Langkah penyelesaian lainnya dapat juga dilakukan dengan cara meminta anggota yang bertikai untuk mendaftar dan mengikuti  sebuah seminar yang menyediakan fasilitator yang ditujukan untuk nantinya mengatur interaksi antara pihak-pihak yang bertikai atau bertentangan. Fasilitator yang dipilih merupakan fasilitator yang mempunyai keterampilan sehingga intervensi yang dilakukan dapat diharapkan dapat mengubah dan memperbaiki hubungan dan sikap anggota-anggota yang bertikai. Menggunakan pihak ketiga, yaitu seorang konsultan digunakan untuk membantu para anggota yang bertikai agar tidak bertikai lagi.
