Karya-karya yang dilahirkan sepanjang karir akademiknya menjadikan Arab sebagai fokus kajian. Karya awalnya mengenai Hijaz, yang menjadi landasan bagi penelitian-penelitan setelahnya, baik yang berkaitan dengan metodologi maupun pemahamannya mengenai Islam.
Ia mengamati bahwa umat Islam Jawa begitu memuja orang Arab. Apalagi jika orang itu dianggap keturunan Nabi Muhammad. Orang Jawa akan dengan sukarela membungkukkan punggung, mencium tangan dan bahkan bersedia mencium kaki. Snouck sendiri yang karena fasih berbahasa Arab pun juga memiliki banyak pengikut setia dan pengagum dari orang-orang Islam Jawa.
Dalam sebuah kajiannya, sejak dibukanya Terusan Suez pada tahun 1869, banyak penduduk asal Hadhramaut bermigrasi ke Indonesia. Sebagian besar dari mereka adalah kubu yang kalah secara politik, sehingga mengalami kehidupan yang sulit.
Mereka yang bermigrasi itu awalnya kecil, miskin dan terisolasi, akan tetapi seiring dengan berjalannya waktu, jumlahnya terus meningkat secara drastis.
Sebagai penasehat penjajah, Snouck terus memberi masukan ke pemerintah Hindia Belanda mengenai kelompok Hadhrami tersebut (istilah keturunan Arab dari Yaman).
Meskipun jumlah mereka tidak seberapa jika dibandingkan dengan jumlah imigran Tionghoa (China), namun pemerintah kolonial justru lebih mengkhawatirkan kedatangan mereka. Sebab tidak sedikit orang-orang yang pulang dari melaksanakan haji mulai menjadi pemberontak. Sehingga kehadiran orang-orang Timur Tengah itu patut diwaspadai.
Atas kelicikan Snouck, ia kemudian mendekati seorang tokoh ulama yang bernama Sayyid Utsman. Terjalinnya hubungan baik itu di kemudian hari menimbulkan kontroversi terhadap diri Sayyid tersebut. Ditambah dengan gelar dan medali penghormatan yang dianugerahkan pemerintah kolonial, membuat dugaan Mufti Batavia tersebut sebagai kaki tangan Belanda cukup kuat. Apalagi karya-karya beliau kemudian dibeli dan disebarkan untuk mendukung propaganda pemerintah kolonial. Lengkap sudah kecurigaan kaum pribumi.
Atas berbagai informasi dan saran yang diterima dari Snouck, Belanda pun dengan mudah mampu meredam berbagai pemberontakan yang dilakukan oleh orang-orang Islam. Snouck juga dianggap yang paling berperan besar dalam mengakhiri perang Aceh yang telah berlangsung selama 40 tahun.
Dalam mencari rahasia kekuatan masyarakat Aceh, khususnya mengenai kehidupan sosial-budayanya, Belanda mengirim penipu paling berbakat sedunia itu. Siapa lagi kalau bukan Snouck Hurgronje.
Snouck adalah orang yang paling paham tentang agama dan budaya Islam, serta mempunyai pengalaman bergaul dengan orang-orang Aceh selama dia belajar di Mekah.
Dalam laporan kepada pemerintah Belanda yang diberi judul Atjeh Verslag, Snouck menguraikan rahasia kekuatan Aceh, yakni para ulama yang memiliki pengaruh begitu kuat kepada rakyat. Ia juga menyebut bahwa satu-satunya cara terbaik adalah memecah belah dan mengadu domba mereka.
