Adapun beberapa kendala atau permasalahan dalam pengembangan pertanian organik antara lain :
1. Rendahnya kualitas sumber daya manusia
2. Kebiasaan petani dalam menggunakan pestisida dan pupuk kimia
3. Belum ada jaminan pasar atau harga khusus untuk produk organik
Dari hal tersebut, dimasa yang akan datang visi pembangunan pertanian Indonesia adalah mewujudkan masyarakat yang sehat dan produktif  melalui pembangunan pertanian yang selaras dengan alam.Â
Masalah dan tantangan yang dihadapi dalam pertanian berkelanjutan adalah membangun pemerintahan yang baik dan memposisikan pertanian sebagai sektor andalan perekonomian nasional, mewujudkan kemandirian pangan dalam tatanan perdagangan dunia yang bebas dan tidak adil, mengurangi jumlah petani miskin, membangun basis bagi partisipasi petani, dan pemerataan hasil pembangunan, meningkatkan pertumbuhan sektor pertanian, membangunan sistem agribisnis terkoordinatif, melestarikan sumberdaya alam dan fungsi lingkungan hidup, membangun sistem iptek yang efisien.Â
Maka dari itu, penulis menyarankan pertanian organik hendaknya dikembangkan dengan mengupayakan orientasi ekonomi dengan tidak terlepas dari hubungan yang selaras dengan alam agar dapat meningkatkan kesejahteraan masyarakat petani khususnya dan masyarakat Indonesia umumnya.
