 Di ruangan lain, juga dipamerkan berbagai jenis perahu tradisional yang ada di Nusantara, baik sejak zaman Hindu Buddha seperti perahu Sriwijaya dan juga perahu yang ada pada relief Candi Borobudur hingga perahu dari Papua.  Bahkan juga ada perahu cadik yang pernah dipakai berlayar ke Brunei Darussalam.
Kami juga kemudian memasuki gedung yang pada tahun 2018 lalu pernah terbakar. Â Ciri utama yang mudah dilihat adalah tiang dan kerangka bangunan yang aslinya terbuat dari kayu sekarang diganti dengan baja walau dicat dengan warna yang mirip yaitu coklat tua. Di sini dipamerkan berbagai jenis lampu yang digunakan sebagai navigasi di laut.
Dari sini kami kembali ke ruang terbuka dan di sini di pamerkan berbagai jenis tanaman rempah-rempah dalam pot seperti pala, lada, dan masih banyak lagi. Konon rempah-rempah ini lah yang dulu membawa bangsa-bangsa Barat seperti Portugis dan Belanda datang untuk berniaga yang kemudian dilanjutkan menjadi kolonisasi Nusantara. Â "Experience Bumi Rempah, An Epic Spice Story," demikian tertulis pada sebuah poster raksasa yang ada di dinding.
Dari sini kita juga bisa melihat ke sebuah  jembatan yang menghubungkan dua gedung di Museum Bahari ini. Menurut Mbak Ira, jembatan ini adalah lokasi tempat pengambilan gambar sinetron Si Manis Jembatan Ancol yang pernah sangat top di sekitar tahun 1990 -an dan dibintangi oleh Kiki Fatmala dan Ozy Syahputra. Â
Kami kemudian kembali ke pintu masuk museum untuk melihat sisa-sia tembok yang dulu menghubungkan Benteng Culemburg dan Zeeburg . Â Tembok ini memanjang jauh hingga ke ujung bangunan Museum Bahari. Â Sebagian peserta wisata museum segera berbaris rapi untuk diabadikan di tembok ini.
Di lantai dua , kami melihat sebuah lukisan Laksamana Malahayati yang memiliki pandangan mata sangat tajam. Bahkan ada yang pernah bilang bahwa pandangan mata ini berubah-rubah sesuai titik kita memandangnya. Di depan lukisan ini ada sebuah katrol yang dulunya digunakan untuk memindahkan rempah-rempah langsung dari kapal yang bersandar di dekat pintu museum menuju ke Gudang penyimpanan.
