Pada tanggal 6 Maret 1521, mereka sampai di Kepulauan Mariana. Magellan disini terlibat bentrok dengan penduduk pulau, sehingga mereka hanya mendapat sedikit perbekalan untuk melanjutkan ekspedisinya.
Pada 16 Maret 1521 mereka melihat Filipina lalu beristirahat disana. Selama di Filipina mereka menyebarkan ajaran Kristen.
Kemudian mereka pergi ke Pulau Sebu dan mengajak raja Sebu yaitu raja Humabon untuk memeluk Kristen dan menjadi sekutu. Karena telah menjadi sekutu, Raja Humabon mengajak Magellan untuk mengalahkan Lapu-Lapu dari pulau Maktan. Mereka menyerang pulau Maktan dengan sekitar 60 pasukan Magellan melawan 1500 pasukan Lapu-Lapu. Dalam pertempuran ini, Magellan dan beberapa pasukannnya tewas.
Beberapa hari kemudian 27 awak dibunuh oleh Raja Humabon yang berkhianat. Karena mengalami kekalahan, mereka memilih mundur, pasukan awak tinggal sedikit dan salah satu kapalnya bocor.
Maka mereka menenggelamkan 1 kapal dan menyisakan 2 kapal untuk melanjutkan perjalanan. Mereka kemudian menemukan pulau rempah yaitu Maluku Islands yang sebelumnya mereka singgah di Brunei.
Dan setelah mendapatkan rempah-rempah, dalam perjalanan pulang, 1 kapal ditangkap oleh pasukan Portugal dan dipenjarakan. Kemudian 1 kapal yang tersisa yang dipimpin oleh Juan Sebastian del Cano dan berhasil lolos dari pengejaran.
Karena takut akan pengejaran Portugal, ia menghindari persinggahan di pelabuhan untuk mengisi perbekalan. Mereka akhirnya sampai di Spanyol pada tanggal 6 September 1522 dengan sisa hanya 18 awak kapal yang sakit dan tidak berdaya. Sangat jauh sekali jumlah pada saat mereka berangkat yaitu 237 orang (ID, 2021). Namun, positifnya muatan kapal yang berisi rempah seberat 26ton bisa menutup ongkos ekspedisi.
