Sepeninggal Kiai Djauhari, anaknya, santri dan lain-lain melanjutkan usaha rintisan awal ini dengan menempuh langkah-langkah sebagai berikut: Pertama, pembukaan lahan baru seluas kurang lebih 6 hektar dari Jariyah para donatur, amal santri Kiai Djauhari, terletak di 2 Kilometer sebelah barat dari lokasi lama. Kedua, dibentuk "tim kecil" yang beranggotakan 3 orang (yaitu Kiai Muhammad Tidjani Djauhari, Kiai Muhammad Idris Jauhari dan Kiai Jamaluddin Kafie) untuk mengembangkan muatan kurikulum TMI yang lebih representatif. Ketiga, melakukan studi banding ke Pondok Modern Gontor di Jawa Timur dan pondok pesantren besar lainnya, serta memohon restu kepada kiai sepuh, khususnya Kiai Ahmad Sahal dan Kiai Imam Zarkasyi Gontor, untuk memprakarsai penggunaan sistem baru yang disepakati.
Setelah melalui prosedur pendirian, maka pada hari Jumat, 10 Syawal 1391 atau 3 Desember 1971, TMI (khusus laki-laki) dengan sistem dan bentuk saat ini secara resmi didirikan oleh Kiai Muhammad Idris Jauhari. Tanggal ini kemudian ditetapkan sebagai tanggal berdirinya TMI AL-AMIEN PRENDUAN.
Kemudian untuk TMI (khusus muallimat/putri) atau yang lebih dikenal Tarbiyatul Mu'allimaat al-Islamiyah (TMaI) didirikan 14 tahun kemudian, yaitu 10 Syawal 1405 atau 19 Juni 1985 oleh putri Kiai Zarkasyi Nyai Anisah Fatimah Zarkasyi.#
Â
