Dalam budaya Jawa, yang sering dimainkan dalam seni  Kethoprak, Ratu Kalinyamat ini sangat bersedih dengan kematian suaminya. Â
Atas kematian suaminya ini, Ratu Kalinyamat dendam, sehingga dia melakukan "tapa wuda sinjang rambut" (bertapa dengan bertelanjang hanya berpakaian rambut), di sebuah bukit Donorojo, sebuah wilayah yang sekarang menjadi salah satu kecamatan kabupaten Jepara. Â
Dalam pertapannya berkatalah ia bahwa ia akan memberi hadiah kepada siapa pun yang bisa membunuh Arya Penangsang. Â Sebelum Arya penangsang terbunuh, dia tidak akan berhenti bertapa dengan cara demikian.
Tersebutlah penguasa Pajang waktu itu, Sultan Hadiwijaya yang tak lain adalah Mas Karebet atau Jaka Tingkir menyatakan sanggup melaksanakan obsesi Ratu Kalinyamat tersebut. Â
Melalui anak angkatnya, Â Sultan Hadiwijaya, yakni Danang Sutawijaya, akhirnya Arya Penangsang mengalami kematiannya dalam peperangan melawan Danang Sutawijaya yang didampingi oleh Ki Ageng Pemanahan.
Usai tewasnya Arya Penangsang, Kalinyamat dinobatkan sebagai bupati Jepara, menggantikan tahta suaminya, Sultan Hadlirin. Â
Kalinyamat dinobatkan sebagai bupati Jepara dengan gelar Ratu Kalinyamat. Â Penobatan tersebut ditandai dengan candra sengkala Trus Karya Tataning Bumi, 10 April 1549 Masehi atau 12 Rabiulawal 956 Hijriah.
Ratu Kalinyamat kemudian memperkuat armada lautnya. Â Pada saat penguasa Malaka, Raja Johor meminta kerja samanya untuk memerangi Portugis yang berusaha menguasai Malaka, maka Ratu Kalinyamat menurut catatan seorang penulis berbangsa Portugis, Diego de Couto dalam bukunya De Asia, menuliskan bahwa pada tahun 1551, Ratu Kalinyamat memberangkatkan ekspedisi ke Malaka dalam jumlah cukup banyak, yakni 40 perahu besar dengan dipimpin oleh seseorang dengan sebutan Sang Adipati. Â
Bergabunglah armada dari Jepara ini dengan armada maritim lain yang dari Banten, Cirebon, Aceh, Maluku dan Johor sehingga jumlahnya mencapai 200 perhau besar dengan jumlah prajurit 4000-5000 orang.Â
Meski  serangan mereka kemudian digagalkan oleh Portugis, Ratu Kalinyamat mempersiapkan lagi armada-armada lautnya dengan maksud membuat benteng pertahanan jikalau Portugis menyerang melalu laut, karena saat itu akses orang masuk berkemungkinan besar melalui laut, khususnya bandar Jepara. Â
Seorang tokoh yang disebut Kyai Demang yang diperintahkan oleh Ratu Kalinyamat untuk mempersiapkan armada laut, berikut melatih para prajurit dalam seni tempur. Â Sultan Aceh, Sultan Ali Riayat Syah mengajak Ratu Kalinyamat untuk memerangi kembali Portugis. Â