Pada awalnya siswa-siswa berasal dari Jawa dan Sumatera, lalu berkembang ke Sulawesi dan Maluku.
Siswa yang berprestasi diangkat menjadi Primus, setara asisten pengajar, yang mengajar pada sore dan malam hari untuk memberikan penjelasan kepada siswa-siswa lain.
Karena perempuan saat itu masih dianggap sebagai golongan kelas dua, maka pada mulanya Stovia hanya menerima siswa laki-laki. Sebenarnya, Kartini, tokoh pergerakan perempuan asal Jepara ingin masuk Stovia, karena cita-citanya sejak kecil ingin menjadi dokter.
Akhirnya mulai tahun 1912, Stovia menerima siswa perempuan. Siswa pertama dan sekaligus dokter perempuan pertama Indonesia adalah Marie Thomas, seorang perempuan asal Manado, Sulawesi Utara.
Ruang pamer juga memperlihatkan ruangan kelas Stovia yang digunakan untuk rapat para pemuda, hingga terbentuknya organisasi Boedi Oetomo
Pada sesi Kebangkitan Nasional, ruang pamer diawali dengan masuknya bangsa Eropa ke Indonesia (Belanda, Inggris, Portugis, Spanyol, dan Prancis). Mereka menggunakan. kapal layar yang sangat tergantung pada angin, maka mereka masuk dari beberapa arah.
Tujuan awalnya mereka adalah berdagang, khususnya mencari rempah-rempah. Belanda dengan Cornelis de Houtman mulai tiba di Indonesia tanggal 23 Juni 1596.
Kemudian beberapa pedagang ini membentuk perusahaan dagang Belanda, Vereenigde Oost-Indische Compagnie (VOC) pada 20 Maret 1602. Hingga dinyatakan bangkrut , lalu ditutup pada 31 Desember 1799.
Dan mulai tanggal 1 Januari 1800 diperintah oleh Pemerintah Hindia Belanda yang dipimpin seorang Gubernur Jenderal.
Pusatnya di Batavia, gedungnya sekarang menjadi Museum Sejarah Jakarta yang berada di Lapangan Fatahillah, kawasan Kota Tua. Posisi Gubernur Jenderal selain memerintah Hindia Belanda, juga sekaligus menjadi Hakim yang mengadili pemuda-pemuda pejuang kemerdekaan, dengan kekuasaan menjatuhkan hukuman penjara hingga hukuman pancung atau gantung. Bahkan ada yang diseret kereta kuda.
