Suatu hari rumah keluarga Belanda itu diserbu tentara Jepang, ayahnya terbunuh, ibunya dijadikan budak nafsu tentara Jepang, meski sebelumnya sempat menyembunyikan Yumna. Yumna akhirnya diselamatkan pemuda anggota PETA bernama Danu yang lalu menitipkannya pada seorang nenek tua.
Danu yang pernah menolong Yumna, diam-diam mencintai Yumna, melatih bela diri dan menggabungkan Yumna ke kelompok Kipas Hitam. Setelah pimpinan tertinggi Kipas Hitam meninggal, organisasi menjadi tidak menentu dan menjadi anti Republiken. Mengetahui organisasi sudah bergerak ke arah yang salah, Yumna akhirnya berbalik melawan kelompok Kipas Hitam.
Danu yang menyadari kesalahannya, akhirnya bahu membahu dengan Musa membantu pemuda Republiken melawan Belanda yang ingin merebut kembali kemerdekaan Indonesia.
Terdapat sebuah adegan yang mengharukan saat Musa menolong 'musuhnya' Kapten John Wright, meski sebenarnya dia bisa saja membunuhnya. Sebaliknya, John Wright juga mencegah anak buahnya saat ingin menembak Musa.
Film ini juga menampilkan tokoh-tokoh sejarah perjuangan rakyat Indonesia, seperti Residen Sudirman, Gubernur Suryo, Pak Moestopo, Bung Tomo dan tokoh-tokoh lain yang mengobarkan semangat arek-arek Suroboyo dan pemuda Indonesia untuk berani melawan Belanda dan Sekutu, meski dengan persenjataan yang sangat minim.Â
Korban pertempuran Surabaya di pihak pejuang kemerdekaan Indonesia sebanyak 16.000 orang, sementara dari pihak Belanda dan Sekutu sekitar 1.500 orang (termasuk 3 orang Jenderal). Korban ini sangat besar dan menyakitkan bagi pihak Sekutu.
Pesan yang disampaikan melalui film ini adalah "tiada kemenangan dalam suatu peperangan", didalamnya meliputi semangat, cinta tanah air dan perdamaian.
Di Balik Layar
Dalam kesempatan bincang-bincang dengan Aryanto Yuniawan, sutradara sekaligus penulis dan produser film ini, diperoleh kisah di balik layar pembuatan film "Battle of Surabaya".
Pembuatan film ini terinisiasi kegagalan mereka memasarkan film seri animasi ke sebuah studio televisi Indonesia. Kenekatan Aryanto beserta tiga rekannya, akhirnya berhasil menyelesaikan film ini dalam waktu tiga tahun. Tahun pertama untuk persiapan properti, satu setengah tahun pembuatan animasi film dan enam bulan sisanya untuk finishing.
Sulih suara menggunakan orang-orang sesuai bangsanya, seperti Jepang (Tanaka Hidetoshi, Sana Hamada), Belanda (Vanhoebrouck Patrick Bernard, Patrick, Khairi van Basten) dan Inggris (Jason Williams, Alejandro Esteban), sedangkan tokoh utama Musa, Yumna dan Danu menggunakan suara artis terkenal. Suara Musa oleh Ian Syahbani, Â Danu dilakukan oleh Reza Rahadian, dan suara Yumna oleh Maudy Ayunda.
