Masjid  Al-Aqsha juga dihiasi dengan ornament yang kental dengan nuansa budaya Budha, Hindu, Jawa dan Tiongkok. Di dalam masjid terdapat kolam dan padasan atau pancuran untuk wudhu yang berjumlah 8 dan di atas pancuran terdapat arca Budha. Jumlah delapan pancuran mengadopsi dari keyakinan Budha "Delapan Jalan Kebenaran" atau Asta Sanghika Marga.
Bagian belakang masjid terdapat area pemakaman, mulai dari makam Sunan Kudus sampai makam tokoh-tokoh agama Islam lainnya. Masjid Al-Aqsha Menara Kudus  ramai dikunjungi penjiarah sepanjang waktu, kecuali bulan Ramadan.Â
Saat bulan Ramadan di Masjid Al Aqsha banyak kegiatan keagamaan yang berlangsung, sehingga banyak pula santri dari berbagai daerah yang sengaja menginap di sana agar bisa menikmati Ramadan di Masjid Al-Aqsho menara Kudus.
Ramainya Masjid Menara Kudus sepanjang waktu menjadi berkah buat masyarakat sekitar untuk berjualan aneka souvenir, makanan khas Jenang Kudus, dan segala kebutuhan penjiarah.
Pada saat tanggal 10 Muharram di Makan Sunan Kudus diadakan acara Buka Luwur atau mengganti kelambu makan sunan Kudus dan juga penjamasan pusaka warisan Sunan Kudus.Â
Pada saat itu pula orang-orang berebut Nasi Jangkrik yaitu nasi berbungkus daun jati dan berlauk daging kerbau. Ribuan orang akan datang dari berbagai daerah untuk menyaksikan acara tersebut.Â
Namun untuk tahun ini dan kemarin acara Buka Luwur dan Dhandangan ditiadakan karena adanya pandemi Covid-19 untuk menjaga agar tidak terjadi kerumunan yang bisa menyebabkan menyebarnya virus Covid-19.
Saat kita melaksanan salat di Masjid Al-Aqsha rasa dingin menyeruak seakan kita kembali keabad 15. Semoga keaslian Masjid Al-Aqsha bisa tetap terjadi sebagai warisan budaya leluhur, dan kegiatan keagamaan juga makin ditingkatkan oleh warga sekitar dan pemangku adat Masjid Menara Kudus, Yayasan Menara Kudus,
Kudus, 30 April 2021
Salam hangat,
Sri Subekti Astadi
