Berkunjung ke Masjid Al-Aqsha  Menara Kudus, yang menjadi satu dengan kompleks Makam Sunan Kudus, ada rasa sejuk menyelinap di hati, kedamaian terasa sekali. Masjid yang berada di samping Menara Kudus dan menjadi ikon kota Kudus itu didirikan oleh Ja'far Shodik atau lebih dikenal dengan Sunan Kudus pada tahun 1549 Masehi atau 956 Hijriah.
Masjid Al Aqsha Menara ini terletak di desa Kauman, Kecamatan Kota Kabupaten Kudus Jawa Tengah. Kira-kira 500 meter dari Alun-alun Simpang Tujuh Kudus. Masjid ini tak pernah sepi dari pengunjung baik oleh masyarakat sekitar maupun para penjiarah yang sekalian melaksanakan salat di Masjid Al-Aqsha ini.
Bangunan mirip-mirip candi bertebaran di area masjid ini. Saat kita masuk melalui pintu padukoro atau biasa disebut dengan tajug yang menyerupai pintu masuk bangunan candi dengan ukir-ukir khas Kudus.
Bangunan Menara yang berada di samping masjid mempunyai tinggi 18 meter, dengan ukuran dasar persegi 10x 10 meter. Dihiasi dengan piring keramik bergambar yang berjumlah 32 buah. Dua puluh buah berwarna biru berlukiskan masjid, manusia, unta dan kurma. Sedangkan 12 buah lainnya berwarna putih berlukiskan kembang.
Arsitektur bangunan menara ini mirip dengan selasar candi umat hindu, berasal dari tumpukan bata merah yang besar dan lebar dengan teknik pemasangan kosod, yaitu pemasangannya hanya dengan digosok-gosokkan tanpa perekat lainnya.
Bangunan puncaknya terdiri dari dua tumpuk atap tajuk dan ditopang dengan empat soko guru. Di puncak menara terdapat bedug yang biasanya ditabuh pada hari besar Islam, seperti sebagai penanda awal bulan Ramadan. Sehingga masyarakat Kudus sampai sekarang masih menyemarakkan tradisi tersebut sebagai Dhandangan.
Agar agama Islam bisa diterima dengan baik oleh masyarakat Kudus, Sunan Kudus mengadopsi beberapa kebudayaan dan kebiasaan masyarakat sekitar. Â
Sunan Kudus melarang penyembelihan hewan sapi bagi masyarakat Kudus, yang sampai saat ini dilaksakan sebagian masyarakat Kota Kudus, dan menggantikannya dengan penyembelihan hewan kerbau.Â
Sehingga masyarakat Kudus  terbiasa mengkonsumsi daging kerbau, makanan khas Kudus pun biasanya berbahan daging kerbau. Seperti Pindang Kerbau, Soto Kerbau, Sate Kerbau dan sebagainya.
Di depan Masjid Al-Aqsha menara Kudus juga terdapat bangunan Klenteng Hok Ling Bio, tempat beribadah agama Budha, yang menandakan saling toleransi antar umat beragama saat itu.