Partai Komunis Indonesia sebagai anak kandung dari ideologi yang membesarkan Soekarno memiliki gerakan hingga ke akar rumput. Pengaruh dan pengikutnya sangat kuat, hingga akhirnya sering berbenturan dengan kelompok partai lainnya yang ada kala itu.
Keadaan itu pun juga mengancam dan akhirnya menyeret-nyeret nama Jenderal yang dituding ingin mematikan partai persemaian ideologi kiri itu.
Namun, bukan itulah hal yang paling menarik dari kisah Supersemar. Ada kisah yang semar-semar yang sampai saat ini terus menjadi tanda tanya besar bagi kalangan sejarawan.
Apa isi dari Surat Perintah Sebelas Maret?
Tak ada yang tahu pasti apa isi surat perintah yang dikeluarkan oleh Presiden Soekarno. Namun,dari tindakan yang diambil Soeharto sebagai Orang yang menerima Instruksi itu dapat disimpulkan dengan dua asumsi.
Asumsi yang pertama adalah Soekarno menuliskan Perintah itu untuk meredam setiap kegelisahan dan isu-isu akan gesekan yang terjadi antara PKI dan pihak yang bersengketa serta membubarkan PKI jika sekira kitanya mereka berniat untuk memberontak kepada pemerintah. Asumsi yang kedua adalah, Soeharto dianggap gagal dan salah dalam menjewantahkan arti dari instruski Soekarno.
Banyak tokoh sejarah yang menyebut-nyebut bahwa SUPERSEMAR itu adalah gerakan kudeta merangkak Soeharto. Soeharto dinilai  salah dalam mengambil tindakan dari Surat yang ia terima. Hal tersebut dibuktikan dengan pernyataan A.M. Hanafi, Duta Besar Indonesia untuk Kuba yang merupakan orang kepercayaan Sukarno. Menurut Hanafi, tindakan Soeharto membubarkan PKI dinilai telah lancang dan melampaui hak-hak prerogatif Soekarno sebagai Presiden.
Kegagapan Soeharton ini pun membuat Soekarno geram. Ia lantas mengirimkan perwakilannya untuk mengantarkan Surat Susulan pada tanggal 13 Maret yang isinya terdiri dari tiga poin, yaitu untuk mengingatkan Soeharto bahwa Surat Perintah 11 Maret hanya bersifat teknis administratif bukan politik; Soeharto tidak dilarang bertindak melampaui bidang dan bertanggungjawab dalam pemulihan keamanan; Soeharto sebagai pelaksana Tugas Surat Perintah 11 Maret diminta untuk menghadap Soekarno.
Surat susulan itu pun dicuekkan saja oleh Soeharto. Menurt  Julius Pour dalam catatannya yang berjudul Gerakan 30 September: Pelaku, Pahlawan, dan Petualang, Soeharto berpandangan bahwa sudah cukup jelas isi dari dalam Supersemar yaitu "untuk mengambil segala tindakan yang dianggap perlu, demi tetap terjaminnya keamanan dan ketenangan serta kestabilan jalannya pemerintahan."
Dimana Surat Sakti Tersebut?
Selain karena isinya yang masih tanda tanya, Â Surat Perintah Sebelas Maret yang asli juga tak tahu dimana. Memburu surat ini ibarat mencari jarum dalam tumpukan jerami.
