Metode: Metodelogi dalam penelitian ini adalah penelitian studi kasus dalam arti penelitian ini difokuskan pada kasus (fenomena) yang kemudian di pahami dan di analisis secara mendalam. Metode penelitian ini digunakan untuk mendiskripsikan secara holistic dan komperhensif tentang gejala dan peristiwa dalam permasalahan pendidikan islam khususnya Madrasah. Analisis data penelitian dilakukan dengan cara yaitu analisis kualitatif, analisis ini terus dilakukan pada setiap tahap penelitian, mulai dari perencanaan, pelaksanaan, dan hasil penelitian. Analisis kualitatif dilakukan dengan mendeskripsikan situasi proses pembelajaran dan pandangan subjek penelitian tentang pembelajaran sehingga peneliti memperoleh pemahaman secara holistik dan penafsiran makna kontekstual permasalahan yang terjadi di objek tersebut. Tujuan penulisan artikel ini adalah untuk mengungkapkan permasalahan yang ada pada Madrasah sehingga bisa menjadi pedoman untuk kedepannya agar madrasah bisa lebih baik dan mandiri.
Hasil: Penelitian dari Bentuk permasalahan Pendidikan Islam di Madrasah antaraÂ
lain adalah:
1) Lemahnya akhlak siswa di MadrasahÂ
2) Kurangnya kontribusi siswa dalam Menyiarkan Ajaran Islam di masyarakat.Â
3) Berkurangnya minat siswa di bandingkan pada sebelumnya, dan banyak yang memilihÂ
untuk pindah ke sekolah umum.
Kesimpula: Pendidikan Islam dihadapkan dan terperangkap pada persoalan yang sama, bahkan apabila diamati dan kemudian disimpulkan pendidikan Islam terkukung dalam kemunduran, keterbelakangan, ketidak berdayaan, dan kemiskinan, sebagaimana pula yang dialami oleh sebagian besar negara dan masyarakat Islam dibandingkan dengan mereka yang non Islam. Katakan saja, pendidikan Islam terjebak dalam lingkaran yang tak kunjung selesai yaitu persoalan tuntutan kualitas, relevansi dengan kebutuhan, perubahan zaman, dan bahkan pendidikan apabila diberi "embel-embel Islam", dianggap berkonotasi kemunduran dan keterbelakangan, meskipun sekarang secara berangsur-angsur banyak diantara lembaga pendidikan Islam yang telah menunjukkan kemajuan.
Komentar: Permasalahan pendidikan Islam di lembaga pendidikan madrasah di Indonesia dapat dilihat dari berbagai aspek. Berikut beberapa masalah yang sering d hadapi :
 * Kurangnya integrasi kurikulum: Banyak madrasah yang lebih fokus pada pengajaran ilmu agama, sehingga siswa kurang memahami ilmu pengetahuan modern.
 * Kurangnya pemahaman nilai-nilai agama: peserta didik kurang memahami pentingnya menjalankan ajaran agama dengan baik.
