Berlokasi di Desa Wisata Puton, Puton, Trimulyo, Kec. Jetis, Kabupaten Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta 55781. Watu Ngelak merupakan salah satu situs bersejarah berupa sebuah batu besar yang membentang di pinggiran Sungai Opak. Sungai Opak atau Kali Opak sendiri adalah nama sungai yang sudah tidak asing lagi bagi masyarakat Yogyakarta. Hal ini karena panjangnya aliran Sungai Opak atau Kali Opak mengalir dari Merapi hingga Pantai Samas sejauh 65 kilometer melintasi 11 kapanewon di Sleman dan Bantul.
Watu Ngelak yang berada di Desa Wisata Puton ini memiliki sejarah dan  asal-usulnya sendiri yang sudah dipercaya oleh warga secara turun-menurun. Asal-usul Watu Ngelak bermula ketika Sultan Agung Hanyokrokusumo atau yang merupakan raja Kesultanan Mataram pertama itu sedang melakukan perjalanan menuju Laut Kidul atau Laut Selatan. Beliau menyusuri Sungai Opak menuju laut Selatan untuk bersemedi dan ketika sampai pada sebuah bukit batu yang saat itu belum memiliki nama, Sultan Agung merasa haus hingga seorang anak yang sedang mencari ikan kemudian memberikan minum kepada Sultan Agung berupa air kelapa muda. Atas peristiwa tersebut Sultan Agung akhirnya memberi nama bukit batu itu dengan nama Watu Ngelak yang artinya batu yang disinggahinya ketika haus.
Dusun yang berada di sekitar Watu Ngelak yaitu Dusun Puton juga merupakan nama yang diberikan oleh Sultan Agung Hanyokrokusumo. Kata puton berasal bahasa Jawa yaitu putu yang memiliki arti cucu dan Sultan Agung memberi nama ini karena anak kecil yang memberikannya air kelapa sebelumnya merupakan cucu dari seorang janda di Desa Dadapan, sebuah desa yang berada di selatan Dusun Puton. Dusun Puton sendiri memiliki potensi wisata yang sudah diakui oleh Kumpulan Sadar Wisata atau Pokdarwis dan Kepala Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Bantul.
Sultan Agung memang selalu memberikan nama pada setiap desa yang beliau singgahi dalam perjalanannya menuju Pantai Selatan. Hal ini beliau lakukan sebagai kenangan akan perjalanan tersebut. Salah satu desa yang menarik perhatian Sultan Agung adalah Desa Puton yang menampakkan cahaya indah saat malam datang.
Cahaya tersebut oleh Sultan Agung diteliti berasal dari batu kristal yang terpantul sinar bulan. Sultan Agung kemudian memutuskan untuk singgah bermalam di tempat itu serambi menunggu matahari terbit dan ketika beliau terbangun dalam keadaan haus datang seorang anak kecil yang seolah-olah kenal dengan Sultan Agung memberikannya air kelapa.
Sejak saat itu, Sultan Agung menjadi senang dengan tempat tersebut dan karena peristiwa itu juga lah yang kemudian tempat tersebut diberi nama Watu Ngelak yang maknanya batu yang disinggahi Sultan Agung ketika beliau haus. Kemudian untuk wilayah di sekitar Watu Ngelak diberi nama Puton yang artinya cucu karena merujuk kepada anak kecil yang sebelumnya sudah memberi Sultan Agung air kelapa.
Alasan mengapa Sultan Agung melakukan perjalanan menuju Laut Kidul atau Laut Selatan adalah karena pada masa kepemimpinannya, tanah Jawa sebagian besarnya masih berupa hutan belantara dan belum ditanami oleh palawija sehingga mata pencaharian warga saat itu adalah berdagang dengan bangsa barat. Sultan Agung merasa cemas akan keberlangsungan hidup rakyat serta ancaman dari luar Pulau Jawa. Oleh karena itu, Sultan Agung merenungkan bagaimana untuk bisa lepas dari ancaman tersebut sehingga akhirnya beliau memutuskan untuk pergi ke Laut Selatan dan bersemedi guna mendapatkan wangsit mengenai cara melepaskan tanah Jawa dari kekangan bangsa barat.
Sebenarnya terdapat pendapat lain mengenai alasan mengapa Sultan Agung melakukan perjalanan menuju Laut Kidul atau Laut Selatan. Salah seorang pengelola Watu Ngelak, Khohari mengatakan bahwa alasan Sultan Agung melakukan perjalanan ke Laut Kidul adalah karena hubungan yang dimiliki oleh Sultan Agung dengan Ibu Ratu Laut Selatan.
Khohari menjelaskan bahwa saat itu Sultan Agung yang merupakan seorang raja atau sultan yang tentunya membutuhkan dukungan dari negara-negara lain baik itu negara yang nampak maupun tidak. Salah satu negara atau kerajaan yang tidak nampak adalah Kerajaan Laut Selatan yang dipimpin oleh Ibu Ratu. Sultan Agung meminta kerja sama kepada Ibu Ratu untuk kemakmuran negaranya dan oleh Ibu Ratu disanggupi atas satu syarat yaitu semua raja yang memegang tahta kerajaan mataram sampai generasi ke 9 harus mau menjadi suaminya.
