1. Surat Panggilan Pemeriksaan
DJP dalam hal ini diwakilkan oleh Kepala Kantor Pelayanan Pajak (KPP) mengirimkan surat panggilan pemeriksaan kepada wajib pajak. Surat panggilan yang dikirimkan kepada wajib pajak tergantung dari jenis prosedur pelaksanaan pemeriksaan, apakah Surat Pemeriksaan Kantor ataukah Surat Panggilan untuk Pemeriksaan Lapangan (SPPL). Isi dari surat pemeriksaan meliputi waktu, tempat dan tujuan pelaksanaan pemeriksaan serta dokumen pendukung yang perlu dibawa oleh pihak wajib pajak. Surat panggilan pemeriksaan biasanya dikirim melalui jasa kuris, pos atau email kepada wajib pajak, kemudian dari pihak AR akan melakukan konfirmasi kepada wajib pajak apakah surat panggilan pemeriksaan telah diterima. Setelah menerima surat panggilan pemeriksaan, wajib pajak tidak diperkenankan mengubah informasi di SPT yang telah disampaikan sebelumnya.
2. Pertemuan antara wajib pajak dengan pejabat pemeriksa
Dalam surat panggilan pemeriksaan, pada umumnya pihak fiskus telah memberi informasi waktu dan lokasi pertemuan kepada wajib pajak, namun tidak menutup kemungkinan bahwa wajib pajak dapat bernegosiasi apabila terdapat perubahan waktu atau lokasi melalui komunikasi yang baik terhadap pejabat pemeriksa yang telah ditunjuk. Pada umumnya pertemuan dilakukan di wilayah lingkungan Kantor Pelayanan Pajak (KPP) setempat. Wajib pajak diperbolehkan untuk membawa pendamping seperti konsultan pajak atau staf ahli pajak selama proses pemenuhan panggilan. Dalam pertemuan ini pejabat pemeriksa akan menjelaskan maksud dan tujuan atas pemeriksaan yang ditujukan kepada wajib pajak. Dan wajib pajak nantinya diminta untuk mengisikan kuesioner sebagai bahan evaluasi di lingkungan DJP
3. Pemeriksa atas kegiatan usaha wajib pajak
Setelah melakukan pertemuan antara pejabat pemeriksa dan wajib pajak, maka proses pemeriksaan akan dilanjutkan dengan prosedur yang telah ditetapkan. Jika pemeriksaan lapangan maka pejabat pemeriksa akan mendatangi kantor wajib pajak, kedatangan tersebut dapat dilakukan secara sidak atau berkali-kali. Selama proses pemeriksaan berlangsung, wajib pajak wajib bersikap kooperatif dan memberikan informasi sesuai dengan data yang dibutuhkan dalam pemeriksaan. Jika selama proses pemeriksaan wajib pajak tidak bertindak koopetatif makan pejabat pemeriksa dapat melakukan penyegelan terhadap usahanya.
4. Peminjaman buku catatan dan dokumen pendukung lainnya.
Selama periode pemeriksaan pajak, wajib pajak wajib meminjamkan semua dokumen yang diperlukan oleh pejabat pemeriksaan untuk tujuan pemeriksaan. Lama wakti atas meminjaman dokumen oleh pejabat pemeriksaan yaitu 1 bulan setelah dokumen diserahkan oleh wajib pajak. Jika pemeriksaan dijalankan di kantor maka wajib pajak berkewajiban menyiapkkan seluruh dokumen pendukung untuk tujuan pemeriksaan. Namun jika pemeriksaan dijalankan di lapangan maka wajib pajak wajib membawanya ke lokasi tempat pertemuan antara pejabat pemerintah dengan wajib pajak.Wajib pajak juga memiliki hak untuk pengajuan permohonan untuk dilakukan pemeriksaan di runag khusus untuk melindungi kerahasiaan dokumen yang akan di periksa. Jika ternyata dalam proses pemeriksaan terdapat dokumen lain yang diminta oleh pejabat pemeriksa maka wajib pajak harus bersedia untuk menyerahkan atau meminjamkan dokumen yang dimaksud, namun apabila dokumen yang dimaksud tidak berada dalam kekuasaaan wajib pajak maka wajib pajak harus membuat surat pernyataan sesuai kondisi yang sebenarnya.
5. Pengujian buku catatan atau dokumen terkait
Proses pemeriksaan terhadap dokumen-dokumen yang diserahkan kepada pejabat pemeriksaan membutuhkan waktu. Jika pemeriksaan kantor proses pemeriksaan dokumen bisa berlangsung kurang lebih sampai dengan 4 bulan dan jika pemeriksaan lapangan waktu yang dibutuhkan adalah sekitar 6 bulan. Namun jangka waktu tersebut dapat diperpanjang sampai dengan 2 bulan jika dipandang masih diperlukan dalam proses pemeriksaan, tidak menutup kemungkinan dapat diperpanjang sampai dengan 6 bulan jika terindikasi ditemukan tindakan penyelewengan pajak.
6. Hasil akhir pemeriksaan dan tanggapan dari wajib pajak
