Moussa dan Abul Futuh berjuang terhadap yang jelas disebut turf politik liberal. Meskipun mantan anggota rezim Mubarak, Moussa terbuka mendukung pemberontakan awal dan mencerca aturan agama saat mempromosikan agenda reformis dan menjanjikan untuk melayani hanya satu periode jika terpilih. Tim kampanye Abul Futuh kiri dimasukkan, liberal, dan muda Islam yang mendukung visinya dari negara sipil, berdasarkan nilai-nilai Islam, yang akan menanggapi tuntutan revolusi. Abul Futuh mendapat dukungan dari sumber yang tidak mungkin Partai Salafis Nour. Dikenal karena sikap regresif dan tidak percaya ke arah nilai-nilai liberal-demokratis, partai ini mengejutkan banyak dengan mendukung Abul Futuh ketimbang Morsi. Khalil al-Anani, analis dari gerakan Islamis, mencatat bahwa "politik, bukan ideologi, ditentukan keputusan Salafi" mengutip juru bicara Nour Nader Bakkar, yang mengatakan bahwa partai itu "mencari seorang presiden yang bisa menjadi manajer eksekutif belaka, bukan khalifah Islam.” Keputusan Partai Nour menawarkan contoh menarik dari penerimaan implisit dari ide-ide liberal dalam proses demokrasi.
Shafiq berkampanye anti-Islam, platform berorientasi keamanan, sedangkan platform Morsi difokuskan pada "Nanda (Renaissance) Project," yang menekankan kebangkitan ekonomi dan keadilan sosial. Morsi dan Ikhwanul mempromosikan proyek, menyebarkan pamflet menjelaskan rinciannya. Meskipun bernada eksplisit agama, dokumen menggemakan retorika Morsi dan menggunakan bahasa liberal yang menekankan "penghormatan [terhadap] hak dan martabat warga negara di dalam negeri dan luar negeri," bersama dengan fokus pada "pemahaman sentris dari shari’a (hukum Islam), tanpanya [Mesir] tidak bisa mencapai kemajuan atau keadilan dan kesetaraan.
Setelah Morsi memenangkan kursi kepresidenan, SCAF, didukung oleh putusan Mahkamah Mahkamah Konstitusi, memblokir usahanya untuk mengembalikan parlemen, sebuah langkah yang oleh beberapa liberal dan lain-lain dianggap sebagai benteng terakhir melawan dominasi Islam. Morsi memainkan tangan pihak yang menang pada bulan Agustus dengan Keputusan presiden terhadap pembatalan addendum konstitusional SCAF Juni, mengakhiri peran politik formal dalam transisi, dan mengganti jenderal. Keputusan, berdasarkan penerimaan populer, diberikan kewenangan konstitusional, legislatif, dan eksekutif interim belum pernah terjadi sebeluma Morsi. Kritik menuduhnya dengan asumsi kekuasaan lebih daripada yang pernah Mubarak gunakan. Awalnya, Morsi hanya menggunakan kekuatan legislatifnya secara hati-hati: untuk menjatuhkan penahanan praperadilan untuk wartawan dituduh menghina presiden dan melepaskan tahanan atas kejahatan yang berkaitan dengan pendukung revolusi. Meskipun demikian, langkah Morsi untuk menyusun media pemerintah dengan anggota Ikhwanul dan kegagalannya untuk mengejar reformasi internal-keamanan mengangkat kekhawatiran bahwa ia mungkin menggunakan birokrasi otoriter warisan dari Mubarak untuk tujuannya sendiri.
Politisi liberal dan sekuler menolak asosiasi dengan pemerintah Morsi tersebut. Pada bulan Juli 2012, Morsi merekrut Hisham Qandil, menteri pengairan dan irigasi yang relatif tidak populer di pemerintah sementara Kamal al-Ganzouri, sebagai perdana menteri. Qandil, yang bukan anggota dari partai politik, pada gilirannya membentuk pemerintahan teknokratis yang diberikan kepada anggota Ikhwanul hanya lima (dari 35) kementerian-informasi, pendidikan tinggi, perumahan, tenaga kerja, dan pemuda. Aktivis revolusioner memuji Morsi atas pengangkatan wakil presiden, Hakim Mahmoud Makki, yang terkenal karena menantang Mubarak pada independensi peradilan. Morsi memilih hakim saudara yang lebih berhaluan Islam, Ahmad Makki, sebagai menteri kehakiman. Liberal menunjukkan, bahwa Morsi mengingkari janji kampanyenya untuk menunjuk seorang wanita atau seorang Kristen Koptik sebagai wakil presiden.
Perselisihan Konstitusi
Perdebatan paling penting seputar prinsip-prinsip liberal pada tahun 2012 berkisar rancangan konstitusi. Salafis dan Islam lainnya berbenturan dengan kaum liberal dan non-Islam lainnya atas isi dari Pasal 2, yang pada tahun 1971 Konstitusi menyatakan, "Islam adalah agama negara dan prinsip-prinsip syariah adalah sumber utama undang-undang." Meskipun kesepakatan awal untuk meninggalkan artikel tidak berubah, draft yang dirilis pada 24 Oktober 2012 mengejutkan anggota sekuler dan konstitusi liberal dan majelis dengan dimasukkannya sebuah artikel mendefinisikan prinsip-prinsip tersebut, pada dasarnya memproduksi dasar yang lebih teokratis. Lembaga keagamaan al-Azhar juga diberikan peran formal dalam meninjau undang-undang, dan penghujatan (sudah melawan hukum Mesir) secara khusus dilarang dalam konstitusi. Perlindungan memadai untuk hak asasi manusia dan hak-hak perempuan, serta artikel membatasi kebebasan pers dan memungkinkan pengadilan militer terhadap warga sipil, juga menarik keberatan, mendorong anggota berpikiran liberal (kira-kira seperempat dari majelis) menarik-diri dalam protes.
Dalam upaya untuk melestarikan petajalan transisi, pada tanggal 22 November Morsi mengeluarkan keputusan konstitusional yang melindungi majelis dari pembubaran oleh pengadilan, melindungi kekuasaannya dari pengawasan yudisial, dan memberinya otoritas yang diperlukan untuk "melindungi revolusi." Majelis konstituante, takut bahwa hakim mungkin mengabaikan keputusan tersebut, menggantikan anggota yang mengundurkan diri sebagai protes pada menit terakhir berdirin dan bergegas meluluskan rancangan pada di sesi maraton yang berlangsung sepanjang malam tanggal 30 November.
Akibatnya timbul reaksi besar dari publik yang menunjukkan bagaimana Mesir menolak Morsi dalam merebut kekuasaan tak terbatas. bahkan sementara; untuk mencabut peradilan perannya dalam sistem: dan mengabaikan ketidakbahagiaan liberal dengan rancangan konstitusi. Kelas berat politik Mohamed ElBaradei, Hamdeen Sabahi, dan Amr Moussa menarik bersama-sama untuk membentuk Front Penyelamatan Nasional. Didukung oleh protes populer besar-besaran digelar di depan istana presiden di Kairo dan di banyak kota-kota lain, serta dengan pengunduran diri dari beberapa penasihat Morsi itu, Front menuntut agar presiden membatalkan keputusan dan menunda referendum konstitusi, ditetapkan pada 15 Desember. Morsi bersikeras untuk maju dengan referendum tapi terpaksa mengakui bahwa keputusan tidak dapat diganggu gugat. Episode telah menghasilkan beberapa teman-dekat – para revolusioner muda dan anggota rezim lama di satu sisi dan Ikhwanul Muslimin bersama-sama dengan militer di sisi lain - tetapi juga menunjukkan bahwa, bahkan dua tahun menjadi transisi yang sulit dan melelahkan, ada puluhan ribuan orang Mesir bersedia sekali lagi untuk turun ke jalan untuk memprotes konstitusi yang mereka dianggap tidak cukup liberal.