Pada hari Kemis tanggal 30 juni 1949 Kekuasaan pemerintah di seluruh Daerah Istimewa Jogjakarta kembali di tangan Pemerintah Republik Indonesia jang berkedudukan lagi di ibu kota Jogjakarta.
Atas Penetapan P.J.M Presiden, Panglima Tertinggi Angkatan Perang Republik Indonesia, maka buat sementara waktu Kekuasaan Pemerintah Republik, baik sipil maupun militer, di Daerah Istimewa Jogjakarta dipegang dan didjalankan oleh Menteri Negara Koordinator Keamanan dengan dibantu oleh segala Badan Pemerintahan dan Alat Kekuasaan serta Pegawai Negeri jang ada dan hang akan datang di Daerah Istimewa Jogjakarta.
Segala Badan dan Peraturan Negara Republik Indonesia jang ada sebelum hari tanggal pengembalian kekuasaan di tangan Pemerintah Republik Indonesia, langsung berlaku selama tidak diadakan ketentuan lain.
Setelah keadaan mengidzinkan, maka segera P.J.M. Presiden, P.J.M. Wakil Presiden serta anggauta-anggauta Pemerintah Republik Indonesia lainnja kembali ke Jogjakarta.
Jogjakarta, 30 Juni 1949.
Atas nama PRESIDEN REPUBLIK INDONESIA
MENTERI NEGARA KOORDINATOR KEAMANAN
HAMENGKU BUWONO IX
Maka hasil terbesar dari pemerintahan transisi itu adalah Jogja Kembali yang berlangsung pada tanggal 24 Juni 1949 hingga 30 Juni 1949 dan di akhir penarikan Sri Sultan Hamengku Buwono memproklamirkan Proklamasi 30 Juni 1949, yang diartikan bahwa bangsa Indonesia terbebas dari penjajahan Belanda.
Dan terbukti setelah peristiwa ini segala alat negara bisa melaksanakan tugasnya kembali, terutama dalam kaitannya dengan proses diplomasi Indonesia yang kemudian mengantar pada pengakuan kedaulatan Indonesia pada tanggal 27 Desember 1949.
Wasana Kata.
Peristiwa Jogja Kembali merupakan peristiwa yang cukup panjang dan kompleks yang dimulai pada tanggal 24 Juni 1949 hingga tanggal 30 juni 1949, dan akhir dari peristiwa itu ditandai dengan Proklamasi 30 Juni 1949 oleh Sri Sultan Hamengku Buwono IX.
Mengenai Peristiwa Jogja Kembali yang ditetapkan pada tanggal 29 Juni 1949, maka sesuai dari catatan sejarah, hal ini berdasar pada penarikan Tentara Kerajaan Belanda dari kota Yogyakarta, sehingga Kota Yogyakarta kembali jadi Ibukota Daerah Istimewa Yogyakarta sekaligus sebagai Ibukota Republik Indonesia, di sinilah akhirnya ditetapkan bahwa setiap tanggal 29 Juni diperingati sebagai Peristiwa Jogja Kembali.