Setelah jadwal penarikan Tentara Kerajaan Belanda di keluarkan, maka sesuai perintah Menteri Koordinator Keamanan Negara Sri Sultan Hamengku Buwono IX, maka dalam hal ini pasukan Wehrkreise III termasuk seluruh sub di bawahnya, yang berada di bawah pimpinan Letnan Kolonel Soeharto segera melakukan konsolidasi pasukannya guna mempersiapkan penerimaan kembali pos-pos yang akan di tinggalkan oleh tentara Belanda.
Begitu juga pasukan TNI lainnya di wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta seperti dari, Akademi Militer, Polisi Negara, Mobile Brigade, dan CPM Detasemen I.
Dalam proses penarikan tentara kerajaan Belanda dari Daerah Istimewa Yogyakarta telah disepakati oleh kedua belah pihak untuk menyerahkan urusan teknis pelaksanaannya kepada beberapa tim pengawas yang terdiri dari Military Observer dari pihak UNCI, Liaison Official dari pihak RI, serta perwakilan dari pihak Belanda.
Penarikan pasukan tentara kerajaan Belanda dari pos-pos nya dilakukan sebagai berikut;
Milobs bersama-sama dengan Liaison Officer Republik Indonesia datang ke pos Belanda Kemudian beberapa orang Liaison Officer pergi ke tempat persiapan pasukan-pasukan TNI dan kepolisian pamong praja yang telah bersiap untuk menduduki pos-pos yang akan ditinggalkan oleh Belanda.
Apabila pasukan-pasukan tersebut telah siap, maka Liasion Officer kembali lagi untuk memberi laporan kepada Milobs kemudian diteruskan kepada komandan T-Brigade dan selanjutnya tentara Belanda mulai ditarik dari pos-pos tersebut dengan berjalan kaki.
Sedangkan barang-barangnya di angkut dengan kendaraan bermotor dan di ikuti oleh salah satu Milobs yang ditugaskan pada pihak Belanda sedangkan Milobs yang lainnya bersama Liaison Officer tetap tinggal di tempat tersebut untuk memberi tanda kepada pasukan pasukan RI yang akan mengambil alih pos tersebut.
Ketika Belanda telah cukup jauh meninggalkan pos dan jika ada tanda telah diberikan maka rombongan dari pihak RI segera masuk dalam pos-pos, pasukan-pasukan segera memeriksa keadaan tempat yang akan di duduki dan jika dirasa aman maka mereka akan segera mendirikan markas di pos yang baru diduduki tersebut.
Di pos yang di duduki tersebut, pihak RI mengadakan upacara sederhana, mengibarkan bendera sang merah putih di iringi lagu Indonesia Raya disaksikan Milobs Team dan Liaison Officer, setelah upacara tersebut selesai, Milobs Team dan Liaison Officer meninggalkan pos tersebut untuk kembali ke kota Yogyakarta.
Dalam hal ini setelah proses penarikan Tentara Kerajaan Belanda di jalankan, maka Menteri Negara Koordinator Keamanan Sri Sultan Hamengku Buwono IX menjelaskan, bahwa dari 24 pos yang berada di luar kota Jogjakarta yang ditinggalkan oleh tentara Belanda, hanya 13 yang di duduki oleh pasukan-pasukan Republik Indonesia sedangkan pos-pos lainnya tidak di duduki, karena pos-pos tersebut dianggap tidak terlalu penting ditinjau dari segi keamanannya.
Secara umumnya proses penarikan Tentara Kerajaan Belanda dari Daerah Istimewa Yogyakarta hingga tanggal 29 Juni 1949 berjalan lancar dan aman, momentum ini pun disempurnakan dengan keluarnya Proklamasi 30 Juni 1949.
PROKLAMASI
