Seperti halnya juga peristiwa yang terjadi pada 13 Januari 1965, PKI melakukan kekerasan dan penodaan terhadap agama, peristiwa ini ditandai dengan terjadinya 'peristiwa Kanigoro', di Kanigoro, Kediri, Jawa Timur dan merembet pada aksi sepihak lainnya yang melibatkan organisasi di bawah payung PKI di berbagai daerah.
Peristiwa Gerakan 30 September 1965 (G30S).
Gerakan 30 September 1965 adalah bagian dari realisasi gerakan revolusi yang terstruktur dan terorganisasi sistematis, yakni melalui struktur organisasi tingkat pusat (CCPKI), Comite Daerah Besar (CDB PKI), Comite Kota (CK PKI) sampai ke Comite Seksi (CS PKI), beserta Biro Khusus PKI yang membina militer.
Enam jenderal senior Indonesia yang dibunuh melalui gerakan revolusi tersebut, akhirnya mayatnya dapat ditemukan di sebuah sumur tua di daerah Lubang Buaya.
Analisa.
Kehancuran PKI merupakan suatu revolusi sosial yang gagal, yang disebabkan karena aspek sistemik jangka panjang, akibat terjadinya polarisasi panjang konflik antara Masyarakat Pro-PKI-Masyarakat Anti-PKI, PKI-PNI, PKI-NU dan PKI-TNI.
Andai saja PKI hanya berperan seperti Parpol biasa yang berkompetisi dalam pemilu, dengan tidak menggunakan strategi revolusi, bukan tidak mungkin PKI justru tetap selamat sebagai suatu partai, tapi PKI justru salah jalan memilih gerakan revolusi.
Pada perkembangannya Gerakan 30 September 1965 adalah realisasi gerakan revolusi yang terstruktur dan terorganisasi sistematis, yakni melalui struktur organisasi tingkat pusat (CCPKI), Comite Daerah Besar (CDB PKI), Comite Kota (CK PKI) sampai ke Comite Seksi (CS PKI) sebagai comitte basis.
Rapat-rapat oleh para pimpinan Biro Khusus PKI dan Pimpinan CC PKI memperkuat indikasi, bahwa memang telah ada proses untuk mempersiapkan gerakannya tersebut.