Pemerintah segera mengambil gerakan cepat, dengan mengutus Kolonel Sungkono sebagai Gubernur Militer dalam rangka menumpas PKI/FDR.
Pada akhirnya pemberontakan dapat ditumpas, Musso yang melarikan diri ke Sumoroto, sekitar Ponorogo, berhasil ditembak mati, lalu Amir Sjarifuddin dapat ditangkap di Grobogan, Jawa Tengah dan dijatuhi hukuman mati.
Proses bertumbuhkembang PKI pasca 1948.
Pembahasan tentang PKI ini, perlu melihat juga partai komunis di dunia, seperti partai komunis di Rusia yang berpola revisionisme dan partai komunis di China yang berpola revolusioner.
Keberhasilan beberapa negara menjadi komunis inilah, yang membuat PKI yakin bahwa Indonesia akan segera menjadi negara komunis yang ke 15, sehingga PKI menganggap bahwa komunisme merupakan ideologi yang benar dan universal.
Semenjak tahun 1950, dengan diprakarsai oleh Dipa Nusantara Aidit, Sudisman, Lukman, Njoto, Sakirman, dan lainnya, PKI dapat bangkit kembali.
Di bawah kepemimpinan Aidit, PKI berkembang dengan sangat pesat, Pemilu tahun 1955 PKI meraih empat besar perolehan suara terbanyak, bahkan tahun 1959 diperkirakan anggotanya sudah mencapai jutaan orang.
Pada tahun 1960, Presiden Soekarno meluncurkan Nasionalisme, Agama, dan Komunisme (Nasakom), oleh karenanya dibentuklah Kabinet Gotong Royong dan Front Nasional menuju Nasakom, sehingga PKI semakin dilembagakan dan ditarik menjadi bagian dari pilar kekuatan bangsa.
Terhitung mulai tahun 1963, PKI menggunakan ideologi komunis berpola strategi Peking yang menghasilkan prinsip perjuangan yang revolusioner.
Pola strategi PKI ke Peking ini dicanangkan oleh Central Committee PKI pada 23-26 Desember 1963 yang memutuskan untuk menerapkan strategi revolusioner Maoisme ala RRC.
Perubahan pola strategi PKI dari yang semula adalah pro-Moskow menjadi pro-Peking pada perkembangannya justru membentuk pola strategi kombinasi, yaitu bergerak lebih agresif, tapi tetap mengembangkan Front Nasional melalui upaya inflitrasi pada Parpol dan Ormas, lalu PKI juga mendompleng pada Presiden Soekarno dan melakukan infiltrasi pada militer.
