Selepas itu puncak karir Gatot Subroto diangkat menjadi Wakil Kepala Staff Angkatan Darat (Wakasad) tahun 1956. Melalui tangannya, dia berhasil meremuk pemberontakan PRRI. Dan dia kembali mendapat julukan,
"Pemimpin yang memiliki perhatian besar terhadap pembinaan perwira muda."
Bagi Gatot Subroto, pembinaan perwira dapat berjalan maksimal jika akademi militer setiap angkatan menyatu, yaitu Angkatan Darat, Laut, dan Udara. Akhirnya terbentuklah Akademi Angkatan Bersenjata Republik Indonesia, yakni (AKABRI) pada tahun 1956.
 Setelah masa perjuangannya terdengar kabar yang mengejutkan bahwa Gatot Subroto meninggal dunia pada 11 Juni 1962 ketika usianya 55 tahun.
Dan pangkat terakhirnya adalah Letnan Jendral. Sungguh luar biasa atas jasa yang begitu besar Jendral Gatot Subroto dinobatkan sebagai Pahlawan Kemerdekaan Nasional yang dikuatkan oleh Presiden RI.
Kisah pilu dan mengharukan dari seorang tokoh pahlawan Indonesia banyak sekali pelajaran yang bisa di ambil dari cerita ini. Ingin sekali saya membangun tekad untuk meneruskan perjuangan para pahlawan-pahlawan  Indonesia. Pelajaran ini harus terus mengalir kepada penerus generasi anak anak dan pemuda bangsa Indonesia selanjutnya secara terus-menerus dan wajib untuk dijadikan sebuah materi pelajar disetiap sekolah agar semua paham dan menyanjung akan perjuangan para pahlawan yang sungguh berjasa di masa penjajahan. Dan untuk terakhirnya terima kasih pak untuk semua perjuanganmu yang sangat berjasa membela dan memperjuangkan tanah air Indonesia tercinta.
