Namun Desa sendiri hingga saat ini mempunyai banyak permasalahan :
1. Keterbatasan Sumber Daya Manusia Pengelola BUMDes
2. Fasiitas sarana dan prasarana yang terbatas
3. AKses Promosi dan Pemasaran
4. Terbatasnya kemampuan dalam administrasi usahaÂ
Namun setelah BUMDes berdiri, dan masing-masing desa bisa berjalan sendiri-sendiri untuk BUMDes-nya, andaikan saja masing-masing desa mempunyai 1 BUMDes 1 Desa , berarti ada 74.093 BUMDES di indonesia, dapat di bayangkan kalau BUMDes ini berjalan sendiri-sendiri tidak terkoordinir per wilayah.Â
Bagaimana mengatasi hal tersebut?
1. Dengan cara adanya Perusahaan Menengah atau besar sebagai Bapak angkat, apakah itu BUMD Kabupaten, BUMD Propinsi, BUMN, atau perusahaan Swasta yang memang bergerak di bidang yang sama.
2.Perlu di buat kategori usahanya misalnya : Pertanian, Perkebunan, Perikanan, Kehutanan, Wisata, Perternakan, Home Industri, Koperasi, Toserba  dll
3. Harus ditetapkan bahwa BUMDes merupakan penyupplai bahan baku atau bahan 1/2 jadi untuk perusahaan menengah dan besar, sehingga saling sinergi , BUMDES bisa bergerak karena perusahaan membutuhkan pasokan , sedangkan perusahaan merasa terbantu dalam kepastian pasokan barang atau bahan baku.
4. Perlu sistem administrasi yang baik sebagai pendukung BUMDes
