Masalah yang sering timbul adalah pengurus gapoktan dan ketua poktan tidak jujur sehingga dana pengembangan tak jelas pembagiannya. Tak jelas peruntukannya. Hanya berputar pada lingkungan keluarga besar dipengurus gapoktan. Bahkan ada ditemui ketua poktan menyalahgunakan dana untuk kepentingan pribadi seperti membeli perangkat elektronik atau sepeda motor.
Lemahnya pengawasan ditengarai merupakan akar masalah pada program PUAP ini. Selain itu kurangnya dukungan dinas pertanian kabupaten/kota juga punya dampak yang kurang baik pada program PUAP. Ada juga dinas kabupaten yang terlalu ikut campur tangan sehingga terkesan ikut mengatur pembagian dana secara langsung.
Memang ditengarai ada oknum dari pihak pemerintah desa maupun dinas yang juga ikut menikmati dana pengembangan PUAP. Walau sulit dibuktikan, namun dari laporan beberapa pengurus gapoktan tentang adanya tindakan kurang terpuji yang dilakukan aparat desa maupun dinas.
Dana PUAP juga menjadi incaran para LSM abal-abal dan oknum wartawan yang tidak jelas. Untuk gangguan yang satu ini, petani sering kali mendapat ancaman dan intimidasi. Datang secara berkelompok dan tidak pada waktu yang wajar. Para LSM gadungan dan oknum wartawan tanpa surat kabar ini datang pada malam hari secara berkelompok.
Hal ini seringkali dikeluhkan para pengurus gapoktan. Walau sudah diadukan ke pendamping dan dinas kabupaten. Praktek para LSM ini sulit diberantas. Memang, ada petani yang berani dan menolak kehadiran para LSM dan oknum wartawan ini. Namun ada juga yang mengalah dan memberikan upeti berupa uang .
Dilapangan juga sering terjadi ketidakcocokan antara pengurus. Ketua dan bendahara tak akur, atau sekeretaris yang merasa dibohongi ketua. Macam macam penyebab ketidakcocokan ini. Mulai dari tidak transfaran hingga adanya kongkalikong antara beberapa petani untuk memanfaatkan uang secara tidak wajar.
Pendamping seringkali kewalahan karena para pengurus gapoktan atau ketua poktan sering kali sulit memberikan laporan yang jelas. Kadang malah sulit sekali dihubungi dan temui. Hilang bagai hantu. Kalau sudah begitu pendamping jadi kehilangan jejak rekam keuangan. Diurut dari awal sudah tak lagi sinkron .
Dana Bantuan Pemerintah Tak Perlu Dikembalikan
Satu hal yang hampir jadi fenomena umum adalah statement para petani yang mendapatkan dana pengembangan bahwa dana bantuan pemerintah tak perlu dikembalikan. Boleh dihabiskan. Akibatnya jarang ada petani yang sukarela mengembalikan dana PUAP yang dipinjamnya dari pengurus gapoktan.
Pengembangan dana PUAP pun akhirnya terjerembab. Macet tak bergerak dan terus menurun hingga akhirnya habis ditangan para petani yang meminjam. Keadaan yang seperti ini memang miris. Dimana anggapan keliru ini seakan terus jadi pembenaran untuk melakukan tindakan mengemplang dana pinjaman yang berasal dari dana PUAP.
Hampir seluruh gapoktan selalu memiliki jawaban yang serupa, “macet pak, tidak dikembalikan petani”. Dana PUAP sering disamakan dengan dana Bantuan Langsung Tunai (BLT) yang memang merupakan hibah, bantuan pemerintah terhadap orang yang tidak mampu. BLT adalah dana konversi dari subsidi migas yang dialihkan secara langsung kepada masyarakat. Rupanya dana BLT turut memberikan dampak negatif terhadap dana pengembangan PUAP.
