Kariernya semakin melejit terus menjadi Wakil Kastaf TNI AD sampai ke Panglima TNI (ke 16, menggantikan Djoko Suyanto).
Selain bangsa Indonesia, khususnya kalangan militer, dunia bulutangkis juga menyimpan sejumlah kenangan pada ayah dua anak tersebut.
Tercatat, suami dari Angky Retno Yudianti ini, menjabat Ketua Umum PBSI periode 2018 hingga 2012 menggantikan Sutiyoso.
Namun kepemimpinannya di PBSI sempat menuai kritik karena menghasilkan prestasi yang biasa-biasa saja di dunia internasional.
Di mana kepimpinannya, yang terbaik tercatat hanya ganda putra Hendra Setiawan/Markis Kido yang membawa pulang medali emas dari Asian Games 2010 dan ganda campuran Tantowi Ahmad/Lilyana Natsir yang meraih juara All England.
Setelah habis masa jabatannya pada 2012, Ketua Umum PBSI digantikan oleh Gita Wirjawan.
Selain di PBSI, beliau juga aktif di berbagai organisasi lainnya seperti menjabat sebagai Ketua Dewan Pembina Gerakan Indonesia ASA, dan Ketua Dewan Pembina IPHI.
Dalam politik, Djoksan memberikan dukungan pada Pilpres 2014 kepada Prabowo Subianto.
Pilpres berikutnya, 2019, Djoksan kembali memberikan dukungan kepada Prabowo Subianto dengan menjabat sebagai Ketua Timses.
Paska Pilpres 2014, Djoksan terlihat berada dalam struktur organisasi Partai Gerindra, anggota Dewan Pembina. Beliau beberapa kali terlihat hadir dalam rapat-rapat urgen Gerindra.
Loyalitas beliau kepada Gerindra pimpinan Prabowo menjadikan mantan Danjen Kopassus itu menunjuk Djoko Santoso sebagai Ketua Tim Pemenangan.
