c. Kelemahan Sistem Presbiterian
Ada pula beberapa kelemahan didalam sistem ini antara lain :
Pertama, jemaat gereja tentu terdiri dari berbagai latar belakang profesi sehingga bisa terjadi kaum awam yang terpilih menjadi pekerja atau penatua adalah seorang buruh, pengusaha atau politikus atau  berbagai posisi lain dan ternama dimasyarakat. Artinya mereka terpilih bukan didasarkan atas karakter atau pelayanan mereka yang baik tetapi karena ada sesuatu dibalik posisi mereka di masyarakat. Keadan seperti ini kerap terjadi sehingga pikiran kedagingan berkembang cepat di gereja, hal ini bisa merusak pelayanan yang baik.
Kedua, ketika para rasul memerintah atas gereja-gereja pada abad pertama, Alkitab Perjanjian Baru tidak pernah memberikan contoh adanya penatua (anggota presbiter) yang memerintah atas gereja-gereja lain, tetapi hanya terhadap gereja mereka sendiri.
Ketiga, kesatuan bukan berasal dari organisasi, tetapi dari individu yang terkait satu sama lain. Tuhan Yesus, dalam doanya untuk kesatuan gereja, berdoa untuk kesatuan relasional, bukan kesatuan organisasi.
3. Model Kongregasi
Konggregasi berasal dari kata berbahasa Latin. Yang berarti pertemuan bersama-sama atau rutin. Â Pemakaian istilah ini digunakan oleh persekutuan orang Kristen di Skotlandia saat mereka memisahkan diri dari gereja Anglikan, Inggris. Â Dalam sistem kongregasi, setiap gereja individu memiliki pemerintahannya sendiri, tanpa pemerintahan gereja lokal ataupun gereja lain yang mengendalikannya.Â
Jemaat mengurusi gereja Konggregasi ini melalui hak suara dimana setiap anggota jemaat setempat memiliki suara dalam menentukan perwakilan jemaat yang ditunjuk untuk menjalankan wewenang terkait segala urusan pelayanan gereja. Â Untuk itu, dibentuklah Panitianya. Namun demikian, keputusan-keputusan Tim yang dipilih jemaat ini dapat ditolak oleh Jemaat apabila mereka tidak menjalankan otoritas mereka secara independen atau bertentangan dengan keinginan seluruh jemaat.Â
Rapat Jemaat melakukan rapat secra teratur misalnya rapat tahunan untuk melakukan perubahan atau penyesuaian  Kepanitian, aturan dan ketentuan, Kepanitiaan termasuk anggaran. Selain itu, Kongregasi juga  dapat mendelegasikan kekuasaan membuat keputusan kepada pendeta dan staff tentang beberapa masalah, tetapi jemaat memiliki otoritas final. Â
Adapun, gereja-gereja yang sampai sekarang menerapkan sistem Pmerintahan seperti ini antara lain : gereja-gereja Baptis, gereja-gereja Pantekosta, Betel dan banyak gereja-gereja independen seperti gereja-gereka kharismatik yang besar sekarang ini.
a. Dasar Alkitabiah