Dalam sistem ini, para anggota gereja lah yang memilih para penatua menjadi "Majelis" atau dewan penatua.  Pendeta di gereja akan menjadi salah satu penatua, yang wewenangnya setara dengan  para penatua lainnya.Â
Para penatua menjalankan gereja lokal mereka, dengan beberapa anggota presbiteri yang mengatur gereja. Artinya, presbiteri adalah sekelompok penatua yang memerintah yang membuat keputusan untuk semua gereja yang ada. Â
Sekarang ini beberapa gereja yang  dikenal banyak menggunakan sistem ini antara lain adalah gereja-gereja Presbiterian dan Reformed. Beberapa gereja di Indonesia yang menggunakan sistem ini misalnya GPIB, GPI, GKI, GBKP dan umumnya gereja-gereja yang dari akar NZG.
a. Dasar Alkitab
Apa dasar alkitabiah mereka yang menerapkan sistem ini ? Â Para pendukung pandangan ini menunjuk pada Kisah 6: 2-6, yang menyatakan, bahwa Kedua belas murid memanggil para pengikut mereka dan berkata, "Kami tidak merasa puas karena melayani meja, Â maka kami mengabaikan firman." Karena itu, saudara-saudara, pilihlah tujuh orang dari antaramu, yang terkenal baik, dan yang penuh Roh dan hikmat, supaya kami mengangkat mereka untuk tugas itu, supaya kami sendiri dapat memusatkan pikiran dalam doa dan pelayanan Firman."(Kisah 6: 3-4).Â
Pernyataan  itu memperoleh persetujuan dari seluruh sidang:  dan mereka memilih Stefanus, seorang yang penuh iman dan Roh Kudus, dan Filipus, Prokhorus, Nikanor, Timon, Parmenas dan Nikolas, seorang proselit dari Antiokhia.
Dari sini, tampaklah bawa dewan majelis lah yang memiliki wewenang  dan bukannya para rasul yang memilih orang-orang ini untuk memimpin di gereja lokal. Juga dalam hal disiplin  gereja, di dalam 2 Korintus 2: 6, tampak bahwa, hukum ditentukan oleh suara mayoritas.  Para pendukung pandangan Sistem Prebiterian ini mengemukakan bahwa dengan menguasai  sistem pemerintahan gereja yang menyeluruh, maka gereja akan dapat mendukung kesatuan Tubuh Kristus,  sebagaimana diajarkan oleh Tuhan Yesus sendiri (Yohanes 17: 21-23) sehingga dapat membantu  masing-masing gereja terhindar dari kesalahan doktrinal atau tersesat.
Terkait Pemimpin atau gembala jemaat, menurut Reformator, Calvin, ada kesamaanan tugas antara jabatan rasul dengan gembala. Tugas yang dilakukan para rasul pada zamannya adalah tugas yang sekarang dikerjakan oleh para gembala, perbedaannya terletak pada cakupan. Para rasul bertanggung jawab atas penggembalaan gereja di seluruh dunia sedangkan gembala bertugas hanya pada satu kawanan domba yang dipercayakan kepadanya.Â
Tetapi gembala yang bertugas ditetapkan untuk bertugas dalam gereja mereka masing-masing tersebut tetap bisa membantu gereja yang lain, jika ada masalah penting yang membutuhkan kehadirannya. Oleh sebab itu, Calvin mengatakan bahwa perlu adanya aturan untuk setiap gembala jemaat yang terikat dan bertanggung penuh atas domba yang dipercayakan kepadanya namun tetap bisa membantu gereja lain tanpa ikatan.
b. Kelebihan Sistem Presbiterian
Tampaknya Sistem Presbiterian lebih memiliki efetivitas pertanggungjawaban daripada model hierarki, sehingga lebih dapat menghindari menajamnya perbedaan pendeta dengan awam. Dalam sistem Presbiterian ini, orang awam dilibatkan dalam keputusan penting dalam pelayanan. Dengan dilibatkannya para penatua dan pengerja yang berasal dari awam kerap banyak membantu pemikiran dan pengambilan keputusan penting didalam gereja.