Sekolah yang memiliki kualitas yang baik akan menghasilkan kualitas lulusan siswa yang baik. Parameter kualitas tersebut tercermin dalam infrastruktur, kualitas tenaga pendidik dan profil lulusan.
 Akhirnya orang tua siswa sebagai konsumen jasa pendidikan semakin melirik sekolah yang memiliki kualitas yang baik. Namun persebaran sekolah dengan kualitas yang baik tidak merata sehingga sebaran pendaftar ke sekolah pun menjadi tidak merata akibat menumpuknya pendaftar pada sekolah favorit.Â
Orang tua menjadi rela mengeluarkan biaya sebesar apapun demi menyekolahkan anaknya pada sekolah yang memiliki kualitas baik. Akibatnya suatu sekolah memiliki sebaran siswa yang memiliki strata ekonomi dan kecerdasan yang tidak merata. Â Pada akhirnya terjadi lah ketimpangan kualitas sekolah pada suatu wilayah. Sistem zonasi dibuat agar mengatasi permasalahan tersebut.
Penerimaan peserta didik baru dengan sistem zonasi diatur dalam Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor  51 Tahun 2018. Berdasarkan peraturan tersebut, terdapat beberapa ketentuan prosedur dalam menerapkan sistem zonasi PPDB.Â
Secara umum proses penerimaan peserta didik baru dilakukan dengan 3 jalur yaitu zonasi, prestasi dan perpindahan tugas orang tua/wali. Namun untuk penerimaan siswa SD hanya menggunakan 2 jalur saja yaitu zonasi dan perpindahan. Jalur zonasi memiliki kuota minimal 90%, jalur prestasi dan perpindahan maksimal 5%.
Pada peraturan tersebut terdapat beberapa pasal yang menjadi pokok permasalahan carut-marutnya sistem zonasi PPDB. Penerimaan peserta didik baru sekolah dasar (SD) diatur dalam pasal 24 yaitu seleksi dilakukan berdasarkan urutan prioritas usia kemudian berdasarkan jarak tempat tinggal terdekat ke sekolah dalam zonasi yang ditetapkan.Â
Apabila pertimbangan usia yang sama, maka penentuan dilakukan berdasarkan jarak tempat tinggal terdekat. Penerimaan siswa SMP dan SMA jalur zonasi diatur dalam pasal 26 dan 29 dengan urutan prioritas jarak tempat tinggal terdekat. Apabila jarak tempat tinggal calon peserta didik sama, maka yang diprioritaskan adalah peserta didik yang mendaftar lebih awal.
Beberapa butir peraturan sistem zonasi disinyalir menjadi penyebab permasalahan sistem zonasi. Setidaknya terdapat 3 poin permasalahan yaitu penerimaan berdasarkan jarak tempat tinggal terdekat, peserta didik yang mendaftar lebih awal dan kuota jalur prestasi.Â
Ketentuan prioritas berdasarkan jarak tempat tinggal terdekat dengan sekolah memiliki permasalahan yaitu bagi calon siswa yang berdomisili sangat jauh dengan sekolah walaupun masih dalam 1 zonasi.Â
Kemudian ketentuan prioritas bagi yang mendaftar lebih awal menjadi biang keladi mengapa saat ini banyak sekali kabar orang tua siswa telah mengantri di sekolah sejak malam hari bahkan menginap.Â
Apabila siswa pendaftar tidak masuk ke dalam kedua prioritas tersebut maka pendaftar tidak diterima di sekolah yang menjadi minatnya. Hal ini disebabkan daya tampung siswa yang ditetapkan oleh sekolah terkadang tidak sesuai dengan jumlah calon pendaftar.Â