Di satu sisi, kata John bahwa Capim KPK dari unsur TNI ini harus mundur dari jabatannya apabila terpilih. UU mengamanatkan seperti itu.
Begitu juga dari unsur Kejaksaan, harus mundur dari jabatannya. Berbeda dengan unsur Kepolisian, tidak harus mundur. Tapi cukup cuti dari jabatannya.
Sesuai dengan tugas dan fungsi utama KPK, hubungannya dengan TNI tentunya terpusat dalam isu-isu korupsi. Selama ini, dapat dibilang hubungan keduanya pasang surut.
Misalnya penolakan campur tangan KPK ke militer yang pernah diutarakan oleh Kepala Staff Presiden, Moeldoko, sewaktu dirinya menjabat sebagai panglima TNI.
Ia mengatakan bahwa kehormatan TNI akan hilang jika KPK masuk karena hal itu sama saja menandakan adanya korupsi besar di tubuh TNI.
Contoh lainnya ada pada kasus korupsi pengadaan Helikopter AW-101 oleh TNI AU, di mana dalam beberapa kesempatan KPK mengatakan bahwa saksi dari TNI AUtidak kooperatif.
Selain itu sifat kerahasiaan, loyalitas, jiwa korsa dan sistem peradilan militer juga dinilai beberapa pihak dapat mempersulit pengungkapan kasus korupsi.
Namun, kasus kroupsi AW-101 juga menunjukkan hubungan positif KPK-TNI. Meski sempat mengalami kesulitan pada masa penyelidikan, pada akhirnya kasus korupsi ini berhasil diungkap dan pejabat-pejabat yang berasalah telah diadili dan dijatuhi hukuman.
Sementara itu, Indonesia Corruption Watch (ICW) mengatakan bahwa pada dasarnya KPK-TNI memiliki hubungan yang baik.
Kedua institusi memiliki yuridiksi masing-masing yang jelas, sehingga dinilai tidak menimbulkan gesekan persaingan seperti yang terjadi antara KPK dengan Kepolisian ataupun Kejaksaan.
Juga, dalam beberapa kesempatan, komitmen kedua institusi untuk bersama-sama memberantas korupsi juga terus dijaga, salah satunya melalui pembekalan wawasan dan pengetahuan anti-korupsi yang diberikan KPK terhadap perwira TNI April lalu.
