Pemisahan ini berdampak pada perbedaan sikap di kalangan umat Islam terhadap kedua disiplin ilmu tersebut. Ilmu agama diperlakukan sebagai ilmu Allah yang bersifat sakral dan wajib dipelajari, sedangkan ilmu umum, baik ilmu kealaman maupun sosial bersifat profan dan tidak wajib untuk dipelajari. Hal ini berimbas pada kemunduran umat Islam di bidang ilmu pengetahuan. Dengan demikian, terjadi reduksi ilmu agama dan pendangkalan ilmu-ilmu umum. Situasi tersebut membawa akibat ilmu-ilmu agama menjadi  tidak menarik karena terlepas dari kehidupan nyata, sedangkan ilmu-ilmu umum berkembang tanpa sentuhan etika dan spiritualitas agama, sehingga kehilangan makna dan bersifat destruktif.
Paradigma Manajemen Pendidikan Islam
1. Meningkatkan kualitas dan kuantitas tenaga pendidik
    Sebagai seorang pendidik barang tentu harus memiliki kualitas agar mutu pembelajaran tidak dipandang sebelah mata. Guru dianggap sebagai pusat pembelajaran bagi peserta didik, dimana ia harus tau dan tempat mencari tau. Sudah septutnya guru dilengkapi dengan bekal yang matang agar mutu yang diberikan juga jelas dan menghasilkan sdm yang berkualitas.
2. Menentukan visi misi yang sesuai dengan Al-Qur'an dan Hadits
     Untuk mewujudkan pendidikan yang berkualitas dan berdaya saing tinggi, visi lembaga Pendidikan Islam harus dirumuskan berdasarkan tujuan pendidikan Islam, harapan dan keingingan masyarakat dan stakeholders pendidikan serta memuat cita-cita yang luhur dalam mewujudkan Pendidikan Islam yang berkualitas.
3. Memiliki sarana dan prasarana serta peningkatan daya saing melalui IPTEK
     Sarana dan prasaran berguna menunjang pendidikan agar sesuai dengan standar pendidikan nasional yang baik. Era globalisasi yang serba teknologi juga menuntut lembaga pendidikan untuk berinovasi menciptakan hal-hal berbau teknologi yang mendorong mutu pendidikan. Selain itu juga berguna agar peserta didik mampu berdaya saing ditengah arus globalisasi yang kuat.Â
4. Keterpaduan antara Ilmu agama dan Ilmu umum
    Keterpaduan antara dua ilmu inni akan menimbulkan banyak dampak positif, tanpa harus mengorbankan salah satu diantara keduanya. Seperti yang dikatakan oleh seorang ilmuan terkenal Albert Eintein:
    " Ilmu pengetahuan tanpa agama adalah pincang. Agama tanpa ilmu adalah buta."