   Dalam kurikulum madrasah tahun 1994, madrasah wajib melaksanakan mata pelajaran agama 100%. Namun pada kurikulum madrasah tahun 1995, kurikulum madrasah memuat 70% mata pelajaran umum dan 30% mata pelajaran agama. Hal ini menyebabkan madrasah setaraf dengan sekolah-sekolah umum lainnya. Dengan adanya kebijakan tersebut, eksistensi madrasah sebagai lembaga Pendidikan Islam mulai dipertanyakan oleh masyarakat. madrasah pada awalnya diharapkan akan mampu mencetak ahli-ahli agama dan para pemimpin Islam mulai diragukan kemampuannya. Walaupun mempunyai kedudukan setaraf dengan sekolah umum, dalam perjalanannya madrasah tetap berbeda dengan sekolah-sekolah umum. Madrasah masih dianggap lembaga pendidikan kelas dua, dimana ada pandangan dari pada tidak sekolah lebih baik masuk madrasah.
2. Lemahnya visi dan misi kelembagaan
   Sekarang ini, visi dan misi menjadi masalah serius bagi lembaga pendidikan Islam. Jika ditinjau di lapangan, banyak lembaga khususnya madrasah di Tanah Air tidak memiliki visi atau arah yang jelas mengenai pengelolaan pendidikan yang baik, sehingga madrasah belum mempunyai perencanaan dan penataan baik yang mengakibatkan pada tatanan implementasi cenderung berjalan apa adanya.
3. Kurikulum yang overloadedÂ
   Kurikulum menjadi persoalan yang sangat urgen dalam dunia pendidikan. Kurikulum di madrasah sarat dengan materi (overloaded) dan bahkan tidak memiliki keterikatan antara pelajaran agama dengan pelajaran umum. Kurikulum di madrasah lebih menekankan pada ranah kognitif saja, sementara ranah afektif dan psikomotorik menjadi terabaikan. Seharusnya, kurikulum harus segera diperbaiki karena tanpa kurikulum yang tepat, maka lembaga Pendidikan Islam akan sulit mencapai tujuan pendidikan.
4. Rendahnya daya saing lembaga pendidikan islamÂ
    Dilihat dari aspek lulusan, lulusan madrasah sangat berbeda dengan lulusan dari sekolah-sekolah umum dimana lulusan sekolah umum memiliki aspek yang lebih terbuka untuk melanjutkan ke perguruan tinggi umum, sedangkan bagi lulusan madrasah memperoleh keterbukaan yang luas hanya pada perguruan tinggi Islam. Sebenarnya madrasah memiliki keunggulan yang lebih dibanding dengan sekolah umum karena muatan pendidikan agama di madrasah lebih banyak daripada di sekolah umum. Ini berarti pendidikan moral yang dikandung dalam pendidikan agama lebih banyak diberikan pada madrasah. Namun pada kenyataannya, madrasah masih kurang mampu untuk bersaing dan bersaing dengan lulusan sekolah umum.
5. Tenaga pendidik dan kependidikan yang kurang profesional
    Pada lembaga pendidikan Islam, khususnya madrasah, banyak guru yang mengajar bukan pada bidang keahliannya. Hal ini menjadikan aspek profesionalisme guru terabaikan. Oleh karena itu proses pembelajaran yang berlangsung lebih cenderung pada pola mengajar (teaching, ta'lim) saja, bukan mendidik (education, tarbiyah dan ta'dib).
6. Dikotomi ilmu pengetahuan
    Saat ini pendidikan dikembangkan dengan memisahkan antara ilmu-ilmu agama dan ilmu-ilmu umum. Para tokoh agama mempunyai pendapat bahwa cukuplah hidup di dunia ini dengan berbekal ilmu agama, walaupun gagap ilmu dan teknologi tidak akan membuat kita merasa terancam dan terasing oleh kehidupan dan justru akan mampu mengendalikan kehidupan dengan baik, bukan sebaliknya dikendalikan oleh kehidupan itu sendiri. Berbeda halnya dengan kehidupan yang hanya dibekali dengan ilmu-ilmu umum saja, mereka akan merasakan kehidupan yang hampa walaupun terlihat nyaman dalam buaian ilmu dan teknologi. Pendidikan Islam selama ini hanyut dalam pemikiran sekuler, sehingga secara tidak sadar melakukan dikotomisasi antara pendidikan keimanan (ilmu-ilmu agama) dengan pendidikan umum (ilmu pengetahuan) dan pendidikan akhlak (etika).
