Namun, seperti dicatat Frans Magnis-Suseno, materialisme Tan Malaka bukanlah pandangan filosofis bahwa segala yang ada itu materi atau berasal dari materi, melainkan keterarahan perhatian manusia pada kenyataan. Maka, "Materialisme berarti: mempelajari realitas bendawi dengan mempergunakan pendekatan ilmiah," kata Magnis.
Dari tujuh bab dari Madilog, dua bab khusus membahas masalah ilmu pengetahuan. Di sini Tan Malaka mengurai bagaimana ilmu pengetahuan bekerja, apa itu bukti, apa hukum alam itu, dan macam apa ilmu pengetahuan menarik kesimpulan dengan induksi, deduksi, dan verifikasi.
Seluruh paparan itu dilengkapinya dengan seabrek contoh dari khazanah berbagai ilmu, seperti fisika, matematika, biologi, dan astronomi. Hal terpenting dari semua uraian ini adalah bahwa materialisme atau ilmu pengetahuan akan membuka pikiran manusia untuk melangkah lebih maju, menciptakan alat dan mesin, dan memahami kodrat alam yang berguna bagi kehidupan.
Tahap selanjutnya Tan Malaka membawa pembaca menerobos lebih dalam lagi dalam memahami dunia. Kali ini ilmu pengetahuan dan logika yang dipakainya tak memadai lagi dan orang butuh dialektika.
Dalam paparannya tentang dialektika, Tan Malaka masuk pada uraian Karl Marx dalam membahas tesis-tesis Feuerbach. Kita tahu, di sinilah Marx menyatakan seruannya yang terkenal, bahwa para ahli filsafat sudah memahami dunia, tapi yang terpenting adalah mengubahnya.
Boleh jadi traktat filsafat Madilog Tan Malaka ini sangat gemilang pada masanya, tapi kehadirannya kini dengan diterbitkan, misalnya, oleh Pusat Data Indikator pada 1999, tentulah menjadi kuno, meskipun perlu sebagai sebuah dokumen.
Sebagai sebuah kitab filsafat, dia sama nasibnya dengan buku-buku Karl Marx dan para muridnya. Sebagai sebuah gagasan, dia sama tertinggalnya dengan gagasan yang diusung para tokoh itu. Dan, nasib Madilog jadi lebih buruk karena dia tak sempat tumbuh wajar dan berbaur dengan wacana intelektual lain di masa Indonesia modern, sehingga peluangnya untuk hidup kembali dan mungkin berkembang lebih jauh seakan bertemu tembok dingin Orde baru.
Namun, sumbangan terpenting dari buku ini adalah ajakan Tan Malaka untuk berpikir rasional, ilmiah, dan meninggalkan kepercayaan atas takhayul yang mengukung--yang nyatanya masih hidup di sebagian masyarakat di Nusantara. Yang patut dicatat pula adalah gairah Tan Mala yang meluap-luap untuk mendorong rasionalitas itu menuju satu titik: kemerdekaan.
