Terkait keterbatasan kuota yang diberikan pemerintah pusat, terkadang menjadikan tidak semua peserta didik yang dilihat layak menerima bantuan. Proses pemasukan data siswa ke situs pun dinyatakan menjadi salah satu penentu apakah sekolah dapat menerima jumlah kuota yang tersedia. Ini menjadikan perjuangan pihak yang sekolah lakukan tidak mudah. Selain karena adanya keterbatasan akses internet, rupanya server yang sering penuh pada siang hari pun menjadi salah satu kendala, maka pihak sekolah harus bekerja melebihi jam kerja untuk pengupayaan bantuan dana bagi peserta didik di MTs Asy-Syifa.
Terkait adanya siswa penerima bantuan KIP yang mengundurkan diri dari sekolah, hal ini biasanya disebabkan karena perceraian orangtua. Ini menyebabkan sang anak tidak ingin melanjutkan pendidikan di bangku sekolah. Pihak sekolah sendiri tentu tidak lepas tangan saat ada  anak didiknya mengalami mogok sekolah. Sekolah segera tanggap melakukan tindakan dan penanganan berupa kunjungan ke rumah oleh pihak kesiswaan. Namun, pihak sekolah tidak ingin menggunakan metode paksaan dan hanya sebatas penyuluhan tidak hanya pada sang siswa, tapi juga pada kerabat terdekatnya. Diharapkan hal tersebut mau mendorong sang anak untuk kembali bersekolah.
