Salah satu faktor kekalahan Mataram dalam penyerangan pertama adalah kurangnya perbekalan makanan, sehingga dalam peristirahatan ini, mereka membangun lumbung-lumbung padi sebagai pasokan pangan. Namun, seorang mata-mata menemukan letak lumbung padi ini dan akhirnya membakar seluruh perbekalan tentara Mataram.
Pada waktu itu, kolera dan malaria sedang mewabah dan menjangkiti orang-orang, tak terkecuali tentara Mataram sendiri. Tumenggung Sura Agul-Agul yang menjadi pemimpin penyerangan akhirnya menggunakan taktik yang sama ketika sedang melawan Surabaya, yakni membendung sungai.Â
Strategi ini dilakukan karena kondisi tentara Mataram yang tidak memungkinkan untuk menyerang. Akhirnya, mereka mencemari sungai Ciliwung dengan bangkai hewan, sehingga airnya yang mengalir hingga Batavia membawa bibit penyakit dan membuat Batavia terserang wabah kolera. Wabah ini menewaskan banyak pihak Belanda, termasuk Jan Pieterszoon Coen yang pada saat itu menjabat sebagai Gubernur Jenderal Hindia Belanda.Â
Walau begitu, ada versi lain yang menyatakan bahwa JP Coen sebetulnya tewas dalam penyerangan Mataram. Kepalanya dipenggal dan dikuburkan di bahwa tangga Imogiri. Namun, sejarawan Johny Khusyairi membantah versi kedua ini dan menyatakan bahwa pemakaman JP Coen oleh Belanda digelar dengan sangat megah di pemakaman yang mewah. Lokasi pemakamannya tidak sembarangan dan sekarang menjadi Museum Wayang Jakarta.
