Isu lain ketepatan waktu pembayaran subsidi kepada operator, serta jumlah yang dibutuhkan atas kompensasi oleh Pemerintah yang menjadi hak operator masih menjadi tantangan, termasuk untuk membayar sewa penggunaan rel (TAC) yang menempatkan operator lebih dalam posisi "nrimo", sedangkan mereka harus mendeliver pelayanan dan keselamatan tanpa delay.
Kesulitan dalam mengimplementasikan subsidi langsung kepada pengguna pada sektor angkutan umum dimulai dari identifikasi sejak awal proses.
Saat ini, belum ada pemanfaatan teknologi yang digunakan untuk mengidentifikasi dan menghubungkan para pengguna angkutan umum dengan penerima manfaat (saat penumpang hadir membeli tiket dan melakukan perjalanan) dengan kartu penerima subsidi.
Hal ini dapat menimbulkan risiko penyalahgunaan subsidi melalui kartu. Adanya teknologi biometric dapat memecahkan masalah ini dimasa depan.
Apabila dapat diimplementasikan maka ada alasan kuat untuk secara bertahap mentransfer beberapa subsidi sistem transportasi umum langsung ke penerima manfaat yang dituju. Kebijakan umum tetap harus dibuat cermat dan waspada atas kemungkinan perubahan zaman.
Namun begitu, kewajiban Pemerintah memberikan hak kesejahteraan masyarakat untuk mengakses transportasi umum melalui kebijakan tarif  angkutan umum (selain keterjangkauan).
Misalnya, demi meningkatkan efisiensi sektor transportasi tetap saja pemberian subsidi berdasarkan jumlah permintaan nanti perlu dibatasi untuk masyarakat miskin saja.
Apa yang sedang terjadi di negara lain?
Beberapa waktu lalu, saya melihat acara TED-X yang membahas perkembangan transportasi umum di negara Eropa dan China. Para innovators yang peduli terhadap masalah efisiensi, kemacetan, pencemaran lingkungan dan peningkatan kualitas kehidupan.
Jika di Indonesia kita menikmati manfaat transportasi online sharing point to point secara adhoc, di negara lain bahkan sudah dilakukan sharing kendaraan point to point dengan jadwal regular. Bahasa mudahnya, "angkot online", sama - sama menggunakan kendaraan pribadi.
Hal ini dilandasi dasar pemikiran bahwa ada sebagian jumlah penumpang yang sebenarnya hanya ingin membayar satu tempat duduk untuk dirinya saja, bukan membayar biaya penggunaan satu mobil.
