ASI mengandung dua protein, Whey (laktalbulin) dan Kasein (card), dengan perbndingan 60:40, dibandingkan dengan perbandingan sebesar 80:20 yang terdapat pada sebagian besar susu formula. Rasio protein  pada ASI ini membuatnya lebih mudah dicerna  dan membuat feses pada bayi yang mendapatkan ASI terlihat lebih lunak.Â
Protein  laktoferin pada ASI mempunyai  kemampuan mengikat besi dan sifat bakteriostatik, terutama melawan bakteri aerob  gram positif dan negatif, anaerob dan jamur.
Kasein  pada ASI meningkatkan penyerapan besi, sehingga mencegah bakteri yang bergantung pada besi untuk berproliferasi di saluran pencernaan. Komponen asan amino pada ASI secara unik sangat sesuai dengan kemampuan metabolisme bayi. Contohnya, kadar  sistin dan taurine yang tinggi, sementara kadar fenilalanin dan metionin rendah.
VitaminÂ
ASI mengandung vitamin yang dibutuhkan untuk nutrisi bayi dengan vaiasi individual yang bergantung pada diet ibu dan perbedaan genetic. Â Vitamin kemudian ditambahkan ke dalam formula untuk meniru kadar yang ditemukan dalan ASI, Meskipun susu sapi mengandung vitamin A dan B komleks yang adekuat, vitamin C, E dan D, Â harus ditambahkan.
Vitamin D memvasilitasi penyerapan kalsium dan fosfor, mineralisasi tulang dan reabsorbsi kalsium dari tulang . Menurut  AAP, semua bayi yang diberi ASI  baik ekskludif  ataupun digabung dengan formula  harus mendapatkan 400  IU vitamin D tiap hari, dimulai dari beberapa hari pertama kehidupan. Bayi yang tidak mendapat ASI, dan bayi/balita yang mengonsumsi  susu dengan vitamin D kurang dari 1 kuart/hari harus mendapatkan  400 IU vitamin D dalam sehari.
Vitamin K, yang dibutuhkan untuk koagulasi darah, diproduksi oleh bakteri usus. Namun, usus masih steril pada saat bayi baru lahir  dan diperlukan  bebrapa hari sampai flora di usus sudah ada dan memproduksi vitamin K. Untuk mencegah masalah perdarahan pada bayi baru lahir, diberikan injeksi vitmin K  pada semu bayi, tanpa melihat  metode pemenuhan nutrisinya..
Asuhan vitamin B12 bayi bergantung pada asupan makanan dan cadangan ibu. Ibu yang sedang menjalani diet vegetarian yang ketat dan ibu yang hanya menkonsumsi sedikit peroduk susu, telur dan daging berisiko mengalami defisiensi  B12. Bayi yang disusui oleh ibu  yang vegetarian harus mendapat makanan tambahan B12 sejak lahir.
Mineral
Kandungan mineral dari susu formula  dirancang agar menyerupai ASI. Kandungan mineral pada susu sapi yang  tidak dimodifikasi  jauh lebih tinggi dibandingkan dengan ASI, sehingga membuatnya tidak cocok  untuk bayi selama tahun pertama kehidupan. Kandungan mineral pada ASI biasanya paling tinggi pada hari-hari pertama kehidupan dan turun sedikit selama masa menyusui.
Rasio kalsium terhadap fosfor pada ASI adalah 2:1, suatu proprsi yang optimal untuk mineralisasi tulang . Meskipun susu sapi tinggi kalsium, rasio kalsium terhadap fosfornya lebih rendah, sehingga terjadi penurunan  absorbis kalsium .Â