Pluralisme agama tidak berarti bahwa semua agama adalah sama. Frans Magnis Suseno berpendapat bahwa menghormati agama orang lain tidak ada hubungannya dengan mengatakan bahwa semua agama adalah sama. Agama jelas berbeda satu sama lain. Setiap agama memiliki latar belakang yang spesifik, sehingga agama tidak bisa konsisten dan identik. Yang dibutuhkan oleh pluralisme agama adalah pengakuan terhadap agama-agama lain.. Setiap agama memiliki hak untuk hidup. Nurcholish Madjid menyatakan bahwa pluralisme tidak hanya berarti kesediaan untuk mengakui hak-hak kelompok agama lain, tetapi juga kesediaan untuk menerapkan keadilan kepada kelompok lain atas dasar perdamaian dan saling menghormati.[6] Allah berfirman dalam Qur'an  bahwasanya "Allah tidak melarang kamu untuk berbuat baik  dan memperlakukan orang-orang yang tidak memperjuangkan masalah agama dengan adil, dan Dia juga tidak mengusir kamu dari negaramu. Padahal, Allah menyukai orang-orang yang berlaku adil". QS, Al-Mumtahanah (60): ayat 8.
Namun dalam Islam, konsep pluralisme agama tidak boleh disamakan dengan relativisme. Relativis mendalilkan bahwa isu 'kebenaran' atau nilai ditentukan oleh pandangan dunia dan pola pikir  individu atau masyarakat sebagai akibat dari pesan relativis agama.  apapun yang dikatakan benar. Lagi pula, karena semua  agama memiliki tujuan yang sama, yaitu percaya kepada Allah sebagai satu Tuhan, pandangan seperti itu tidak berarti bahwa mereka ingin menyamakan agama. Pada akhirnya, konsep pluralisme agama dapat disimpulkan sebagai sikap penghormatan, penerimaan, keberanian terbuka untuk menanggung konsekuensi kebenaran yang bukan milik kelompok dalam rangka merajut kerukunan umat beragama.
Mengenai hubungan antara pluralism agama dan pendidikan, termasuk di dalamnya Pendidikan Agama Islam, beberapa pakar telah memberikan pendapatnya. Di antaranya Syamsul Ma'arif yang mengutip Franz Magnez Suseno, yang menyatakan bahwa pendidikan pluralisme adalah suatu pendidikan yang mengandaikan kita untuk membuka visi pada cakrawala yang semakin luas, mampu melintasi batas kelompok etnis atau tradisi budaya dan agama kita sehingga kita mampu melihat kemanusiaan sebagai sebuah keluaraga yang memiliki baik perbedaan maupun kesamaan cita-cita. Inilah pendidikan akan nilai dasar kemanusiaan untuk perdamaian, kemerdekaan dan solidaritas.
 Masih menurut Syamsul Ma'arif, tujuan pendidikan pluralisme sendiri adalah bukan untuk membuat suatu kesamaan pandangan apalagi keseragaman, karena ini adalah sesuatu yang absurd dan mengkhianati tradisi agama suatu agama. Dalam hal ini yang dicari adalah mendapatkan titik pertemuan yang dimungkinkan secara teologis oleh masing-masing agama. Setiap agama memiliki sisi ideal secara filosofis dan teologis, dan inilah yang dibanggakan penganut agama serta yang akan menjadikan mereka bertahan jika mereka mulai mencari dasar rasional atas keimanan mereka.
2.2 Konsep Rahmatan lil A'lamin dalam Pendidikan
Seperti yang diketahui bahwasanya islam adalah agama yang rahmatan lil 'alamin. Islam masuk ke Indonesia sekitar abad ke-7 dengan segala kerahmatanya dan kedamaian yang telah dibawa sampai saat ini. Para wali menyebarkan agama islam dengan penuh kesabaran, keikhlasan, dan kegigihan pantang menyerah. Berbagai jalur pennyebaran islam diantaranya yaitu melalui perdagangan, pendidikan, pernikahan, dan sosial budaya. Islam menghargai segala pluralisme yang ada di Indonesia tanpa memaksa dan dengan suka rela. Siapapun boleh memeluk agama islam sesuai kesadaran individu masing-masing, inilah yang dimaksud konsep islam agama Rahmatan Lil 'Alamin.
Dalam sejarah pearadaban islam terdapat satu peristiwa penting yang menggambarkan serta menjadi pilar dari  persatuan persaudaraan yaitu ukhuwah islamiah yang terjadi pada zaman Rasulullah untuk menyatukan penduduk muhajirin dan Anshar di Madinah. Pada saat itu kaum muhajirin bersama rasulullah hijrah ke tanah madinah dan disambutlah oleh sekelompok kaum anshar. Disitu pula Rasulluh saw. menjadikan mereka bersaudara  antara kaum muhajirin dan kaum anshar.
Dalam perkembanganya, pendidikan merupakan salah satu cara menyebarkan agama Islam yang paling eksis hingga saat ini. Dalam rangka memediasi pendidikan agama Islam melalui kebijakan pengembangan agama dan peran guru, mereka berperan penting dalam membentuk karakter dan pemahaman keagamaan peserta didik.
 Guru agama khususnya adalah salah satu elemen inti tentang pentingnya pemahaman agama yang terbuka dan toleran. Guru agama perlu memiliki kerangka konseptual yang jelas dengan keragaman yang baik. Keberagaman sebenarnya berarti orang yang berbeda berdasarkan suku, budaya dan agama. Oleh karena itu, mengelola pluralisme merupakan rencana sistematis dan komprehensif untuk menciptakan lingkungan sekolah yang tidak hanya saling menghormati tetapi juga berkontribusi pada produktivitas agama-agama persaingan yang strategis dan sehat, yang harus dipahami (Baedowi 2013:156).
Mengelola pluralisme adalah tugas utama dalam semua aspek sekolah dan kepemimpinan di tingkat individu siswa, guru dan orang tua (hubungan interpersonal), tetapi juga diintegrasikan ke dalam kerangka kebijakan di seluruh sekolah. Selain itu, mengelola pluralisme tidak hanya sama dengan menciptakan ketentuan sebagai alat untuk memberikan kesempatan kepada setiap orang untuk merasakan peluang dan kesetaraan, tetapi manajemen sekolah adalah elemen manajemen. Perlu sebagai alat untuk meningkatkan kesadaran sosial. Pindah sekolah dalam realitas pluralisme yang tak terelakkan (Baedowi 2013:158)
2.2 konsep rahmatan lil alamin dalam konteks budaya
Dalam bukunya Gus Dus pernah mengatakan bahwasanya ada keterkaitan erat antara budaya dan agama hal ini dibuktikan dengan adanya percampuran kultur tradisional Indonesia dan budaya-budaya islam. Hal ini merupakan bukti nyata bahwa penyebaran agama islam di negeri ini antara lain melalui budaya, disampaikan secara damai, tidak melalui jalan peperangan. Beliau mengakui jika kekuatan kaum muslimin akan kemampuan mereka dalam menciptakna perdamaian adalah merupakan faktor pendorong penting  dalam penyebaran agama islam. Â
Keberagaman (pluralitasme) agama-agama yang hidup di Indonesia, termasuk keragaman citra keagamaan yang ada di dalam tubuh umat beragama, merupakan fakta sejarah yang tidak dapat dibantah oleh siapapun. Kebangkitan pluralisme agama di Indonesia dapat ditelusuri secara empiris historis. Secara kronologis dapat dikatakan bahwa pada tahun di nusantara, sebelumnya hanya agama Hindu dan Budha yang sebelumnya diterima oleh masyarakat khususnya di pulau Jawa.
