Potensi masalah yang telah diidentifikasi di kawasan Zona Inti Gumuk Pasir Parangtritis sesuai Rencana Tapak adalah:
1. Wisata kendaraan bermotor (motor dan mobil serta off-roader);
2. Perikanan, tambak, peternakan, dan pertanian;
3. Pemukiman liar atau tidak berizin;
4. Vegetasi yang tumbuh dan menutup lorong angin.
Fungsi Gumuk Pasir
1. Memiliki fungsi ekologi bagi berkembangnya flora dan fauna khas di Gumuk Pasir.
2. Berperan dalam perlindungan terhadap abrasi pantai dan mitigasi bencana tsunami.
3. Berfungsi sebagai akuifer air tawar yang mendukung ekosistem sekitarnya.
Upaya Perlindungan Gumuk Pasir
Pemerintah Kabupaten Bantul telah mengambil langkah-langkah strategis untuk melindungi Gumuk Pasir Parangtritis. Salah satunya adalah dengan menerbitkan Peraturan Bupati Nomor 47 Tahun 2024 yang mencakup langkah-langkah restorasi kawasan gumuk pasir. Tahapan restorasi yang telah dilakukan meliputi: