Maka momen itupun tidak disia-siakan kelompok pejuang kemerdekaan yang tergabung dalam Fretilin untuk mendeklarasikan berdirinya Negara Republik Demokratik Timor Timur pada 28 November 1975. Â
Hal ini ditentang sebagian rakyat Timor Timur yang tergabung pada partai Apodeti, UDT, Kota dan Trabalista yang berkeinginan untuk integrasi dengan Indonesia.Â
Kelompok gabungan ini juga menyatakan proklamasi tandingan bergabung dengan Indonesia melalui Deklarasi Balibo tanggal 30 Nopember 1975 <2>.Â
Adanya pergolakan  di Timor Timur ditambah  dengan kostelasi politik saat itu  untuk mengimbangi pengaruh komunis dan restu Amerika, maka Indonesia mengambil peran memfasilitasi proses menuju INTEGRASI dengan memobilisasi kekuatan ABRI masuk ke wilayah bekas koloni Portugal itu. Suatu aksi yang oleh pejuang Fretilin Timor Timur disebut sebagai INVASI.
Maka meskipun telah menjadi bagian dari NKRI sejak Juli 1976,  operasi militer digelar,  tokoh pejuang Xanana Gusmao tertangkap dan  mendekam dalam tahanan LP Cipinang, digelontor dengan kucuran anggaran pembangunan yang membuat cemburu provinsi lain, para pejuang kemerdekaan Timor Timur  yang dalam kaca mata TNI disebut sebagai Gerombolan Pengacau Keamanan (GPK) tetap melakukan perlawanan sporadis.
Selain perlawanan bersenjata, dilakukan perlawanan di forum internasional dan agenda sidang  PBB serta dialog Indonesia dan Portugal yang tak kunjung tuntas. Sebuah situasi yang oleh Menlu Alatas disebut dengan ibarat "kerikil dalam sepatu". Â
Timor Timur menjadi "kerikil" yang membuat Ali Alatas sering frustrasi mengatasi kecaman internasional, khususnya setelah insiden Santa Cruz. Kerikil itu juga mengganggu kinerja pemerintah dalam mewujudkan kesejahteraan seluruh Indonesia.
B J Habibie yang memutuskan mengeluarkan kerikil dalam sepatu tersebut. Jika wilayah  Timor Timur lepas dari Indonesia, maka pemerintah tidak akan dibebani lagi oleh segala persoalan Timtim dan untuk memasuki milenium baru yang tinggal 11 bulan pemerintah akan berkonsentrasi pada pertumbuhan ekonomi untuk semua. Saran Habibie, berikan kemerdekaan dan kita konsentrasi pada 26 provinsi yang sudah cukup banyak masalah.Â
Prinsip Habibie "Bila ternyata saudara-saudara kita di Timtim tidak kerasan untuk bersama dengan saudara-saudaranya melaksanakan pembangunan, maka baiklah kita berpisah sebagai kawan <3>. Suatu upaya terhormat dan untuk menunjukkan prinsip yang dipegang teguh Habibie bahwa Indonesia bukan penjajah.
Membangun masa depan
Xanana yang ditangkap pasukan ABRI pada tanggal 20 Â November 1992 akhirnya dibebaskan pada September 1999 sebagai bagian dari kebijakan Presiden Habibie membebaskan para tahanan politik dan aktualisasi berpisah secara baik-baik sebagai kawan.Â