Habibie, Inspirator Rekonsiliasi Indonesia - Timor Leste

Tanggal 6 September 1999, Presiden Habibie memutuskan memberlakukan Darurat Militer di Timor Timur karena ekskalasi konflik kelompok prokemerdekaan dan kelompok prointegrasi. 

Pemerintah menunjuk Mayjen Kiki Syahnakri sebagai Penguasa Darurat Militer, untuk menangani terjadinya kerusuhan di seluruh wilayah Timor Timur pasca jajak pendapat yang mutlak dimenangi kelompok prokemerdekaan <1>.

Dalam bukunya "Timor Timur, Untold Story", Kiki Syahnakri berpendapat bahwa saat itu gagasan dan semangat untuk memberikan status otonomi khusus kepada Timor Timur mendapat sambutan positif dari kelompok prointegrasi maupun prokemerdekaan. 

Meskipun secara eksplisit belum menyatakan setuju, pengganti Xanana Gusmao, Konis Santana melalui jaringan klandestin menghubungi otoritas TNI dan pemerintah di Dili untuk mengetahui perkembangan konsep otonomi khusus (2013 : 211).

Perkembangan dinamika interaksi pihak yang terlibat konflik bersenjata, sebenarnya selaras dengan perkembangan dinamika di meja perundingan di PBB. 

Sampai agustus 1998, materi perundingan masih hanya usulan usulan otonomi yang diperluas, meski menurut Porrugal masih dengan syarat hal tersebut adalah transisi sebelum menentukan nasipnya sendiri, yang tentu saja ditolak Ali Alatas.

Sampai kemudian terjadi keputusan pemerintah yang bersejarah tentang masa depan Timor Timur, bukan hanya satu opsi tetapi menawarkan langsung dua opsi pilihan. 

Dalam sidang kabinet 27 Januari 1999, pemerintah mengumumkan alternatif penyelesaian yaitu apabila usulan status khusus dengan otonomi luas ditolak, diusulkan kepada wakil rakyar hasil Pemilu 1999 agar Timtim secara terhormat dan damai berpisah dari NKRI.

Mengeluarkan kerikil dalam sepatu.

Bila kita komparasi dengan perjalanan kemerdekaan RI, tentu apa yang dialami, dirasakan dan dicita-citakan rakyat Timor Timur adalah hal yang wajar.  Ketika Jepang kalah dalam PD-II, para pemimpin gerakan kemerdekaan Indonesia memanfaatkan momentum itu sebagai kekosongan kekuasaan penjajah dan segera mendeklarasikan kemerdekaan Indonesia. 

Demikian pula sebagian rakyat Timor Timur menggunakan momen situasi revolusi bunga di Portugal, serta tindakan Portugal meninggalkan koloninya menjadi wilayah tak berpemerintahan sebagai peluang menyatakan kemerdekaan.