Proses terpilihnya La Nyalla menjadi Ketua Umum PSSI diiringi oleh ancaman pembekuan dari Menpora Imam Nahrawi. Penyebabnya karena PSSI dianggap tidak mematuhi rekomendasi perihal keikutsertaan dua klub yang bermasalah, yakni Arema dan Persebaya (bukan Persebaya yang asli).
Karena tidak juga memenuhi ultimatum, Menpora akhirnya membekukan PSSI pada 17 April 2015, sehari sebelum KLB PSSI memilih La Nyalla. Dalam surat pembekuannya, Menpora mengatakan tidak mengakui apapun hasil dan keputusan dari KLB PSSI tersebut.
Meski sempat dianjurkan Wapres Jusuf Kalla untuk mencabut pembekuan tersebut, Menpora Imam Nahrawi tetap bersikukuh.
Apalagi langkah ini didukung penuh oleh Presiden Joko Widodo yang menginginkan adanya pembenahan total terhadap persepak bolaan Indonesia sebagai jalan untuk memperbaiki prestasi sepak bola Indonesia.
Praktis, La Nyalla menjabat ketua umum PSSI dalam kondisi organisasi itu dibekukan oleh Menpora. Meski begitu, La Nyalla seakan tidak peduli. Dia merasa tidak ada yang salah dengan PSSI sehingga tidak layak untuk dibekukan. La Nyalla juga mengingatkan Menpora bahwa intervensi pemerintah bisa mengakibatkan sanksi FIFA.
Baik Menpora maupun La Nyalla tetap keras kepala. Pada 30 Mei 2015, FIFA resmi menjatuhkan sanksi kepada PSSI dan berlaku hingga PSSI mampu memenuhi kewajiban pada pasal 13 dan 17 statuta FIFA.Â
Akibat sanksi ini, timnas Indonesia dan semua klub di Indonesia dilarang berpartisipasi di pentas Internasional di bawah FIFA atau AFC, kecuali SEA Games di Singapura hingga turnamennya berakhir.
Turunnya sanksi FIFA membuat arus dukungan pada La Nyalla mulai surut. Kuatnya desakan pemerintah yang didukung elemen suporter sepak bola membuat kursi La Nyalla di PSSI akhirnya goyah juga.Â
Lewat Kongres PSSI di Hotel Mercure, Jakarta (10/11/2016), La Nyalla akhirnya menyerahkan tampuk pimpinan PSSI pada Letjend Edy Rahmayadi.
Calon Gubernur yang gagal hingga janji potong leher
Terdepak dari PSSI tidak menyurutkan ambisi La Nyalla. Pada Agustus 2017, La Nyalla memutuskan untuk maju ke arena pemilihan Gubernur Jawa Timur. Awalnya, La Nyalla mendapat dukungan dari Partai Gerindra.Â
Sayang, dalam perkembangannya, Gerindra tidak mendapat dukungan dari partai lain untuk bisa menggenapi kursi supaya bisa mengajukan kandidat. Langkah La Nyalla pun terhenti sebelum masuk kompetisi.
