Pada akhirnya Drs. Sugiono kalah suara, diputuskan antara ketiga Pembina tersebut bahwa Drs. Sugiono tidak usah perlu lagi SMK Pelayaran Wira Samudera, hanya Pak Karsono dan pak Sutaryanto yang mengurus SMK Pelayaran Wira Samudera.
Sugiono hanya akan mengurus  SMK YPP yang  baru dengan jurusan Teknik Sepeda Motor dan Teknik Kendaraan Ringan. Selanjutnya SMK YPP diberi tempat bekas lahan parkir yang menghadap Jalan Gondomono untuk membangun ruang KBM dan kantor.
MATINYA SMK YPP DAN SEKARATNYA SMK PELAYARAN WIRA SAMUDERA
Empat bulan setelah mendapatkan Approval, yaitu pada 13 November 2017 terjadi perubahan orang di struktur Pembina Yayasan. Dua orang dari jumlah total 3 (tiga) orang pembina yayasan mengundurkan diri secara tiba-tiba.
Mereka yang mengundurkan diri yaitu Ir. Stefanus Sutaryanto dan Drs. Karsono, Mpd. selaku pendiri Yayasan YPPS (akta pendirian YPPS tahun 2014) sekaligus pendiri SMK Pelayaran Wira Samudera pada tahun 2010 .
Hilangnya 2 pendiri SMK Pelayaran Wira Samudera membuat arah tujuan Yayasan YPPS berubah, semula yang fokus untuk mengembangkan SMK Pelayaran Wira Samudera, sekarang lebih fokus ke bidang keahlian non maritim, seperti yang dimiliki SMK Bina Nusantara. Pada pertengahan tahun 2018 Yayasan sempat berusaha mengajukan Akreditasi SMK YPP yang telah habis masa berlakunya tahun 2011, namun gagal
Karena Belakang diketahui bahwa SMK YPP yang yang telah menerima siswa dari tahun 2014-2018 ternyata tidak memilki ijin penyelenggaraan yang jelas dan diminta di tutup oleh Dinas Pendidikan Dan Kebudayaan Prov. Jateng dan tidak boleh menerima siswa baru. Namun kenyataanya yayasan tetep "bandel" menerima siswa baru untuk SMK YPP.
Janji yayasan pada desember 2017 yaitu ,setelah membongkar dan mengalihfungsikkan 7 laboratorium ruang laboratorium SMK Pelayaran Wira Samudera adalah segera membangunkan gedung minimimum 5 lantai agar bisa menampung SMK YPP dan SMK Pelayaran Wira Samudera.
Pembongkaran 2 ruang kelas SMK YPP yang menghadap jalan gondomono dan Laboratorium-laboratorium praktik SMKP Wira Samudera pada waktu itu  dicurigai "trik" belaka  agar SMK YPP dibenarkan menggunakan ruang-ruang yang dipakai SMKP Wira Samudera.Â
Dan pada awal Januari 2019 kecurigaan itu terbukti benar, setelah 1 tahun lebih tidak ada kejelasan pembangunan gedung dan laboratorium-laboatorium itu. Yayasan berkelit menyatakan bahwa mereka tidak ada dana untuk membangun. Hal iniliah salah satu pemicu demonstrasi taruna taruni pada 10 january 2019 lalu.Â
Sepertinya Dari awal yayasan memang tidak punya dana, mereka cuma modal nekat melabrak peraturan tanpa mempertimbangkan konsekuensinya. Dan akhirnya kondisi sekarang merugikan siswa-siswi kedua sekolah dan pemerintah. SMK YPP seperti mayat hidup , sudah "mati" namun tetap beraktifitas .Â
Sedangkan SMK Pelayaran Wira Samudera "sekarat" menuju kematian, tinggal menunggu status "Approvalnya" dibatalkan oleh Ditjen. Perhubungan laut. Bantuan dana cukup besar dari kemendikbud yang sudah dibelikan peralatan praktik jadi tak berguna, tergeletak ,rusak karena panas dan hujan ,karena tiada ruang untuk menyimpan.Â