2. Descending (turun)
Pada sistem ini, arah aliran fase gerak turun dari atas ke bawah, di mana chamber yang digunakan mempunyai wadah eluen yang terdapat dibagian atas chamber dan kertas kromatografinya di gantung dengan bagian atas yang tercelup pada eluen. Metode ini lebih cepat daripada metode Ascending karena pengembangan eluen juga di pengaruhi oleh gaya gravitasi.
3. Ascending-Descending
Pada sistem ini merupakan gabungan dimana eluen mengembang dari bawah ke atas dan dilanjutkan dari atas ke bawah. Pada bagian bawah chamber, dibagi dengan menggunakan sekat tertentu. Satu bagian diisi dengan eluen dan bagian yang lain dibiarkan kosong. Cara ini banyak digunakan untuk pemisahan campuran yang mengandung senyawa-senyawa yang memiliki karakteristik hampir sama, sehingga membutuhkan pemisahan yang lama dengan menggunakan kertas saring yang lebih panjang.
4. Two Dimensional (dua arah)
Sistem ini digunakan untuk pemisahan campuran yang membutuhkan dua kali elusi dengan menggunakan eluen yang berbeda. Pada tahap awal, sama seperti tahap Ascending selanjutnya kertas kromatografi di angkat dan dikeringkan kemudian di putar 90 derajat dan dimasukkan pada eluen yang kedua.
 Cara ini banyak digunakan untuk memisahkan campuran yang mengandung kelompok-kelompok senyawa yang memiliki karakteristik hampir sama, sehingga pada elusi yang kedua, kelompok-kelompok senyawa yang memiliki karakteristik hampir sama tersebut dapat dipisahkan dengan eluen yang kedua.
5. Circular (melingkar)
Pada sistem ini menggunakan kertas yang berbentuk lingkaran. Larutan pengembang bergerak secara horizontal dari pusat menuju ke tepi lingkaran. Pusat lingkaran di beri sumbu untuk perambatan fase gerak. Campuran yang dipisahkan di totolkan di dekat pusat lingkaran. Chamber yang digunakan adalah biasanya cawan petri.
Aplikasi Kromatografi Kertas
Karena kesederhanaannya, kromatografi kertas ini dapat di aplikasi kan pada beberapa identifikasi dan pemisahan, diantaranya adalah sebagai berikut.
