Faktor-Faktor yang Memengaruhi Pemisahan Senyawa dalam Kromatografi Kertas
1. Kelarutan
Partisi terjadi karena adanya perbedaan kelarutan senyawa dalam cairan yang terikat pada fase diam dan cairan pengembang atau fase gerak.
2. Polaritas
Selain kelarutan, polarisasi juga berpengaruh pada partisi tersebut. Partisi molekul zat terlarut antara fase cair diam dan cairan pengembang (fase gerak) terjadi karena perbedaan polaritas antara kedua pelarut tersebut. Prinsip like dissolves like, suatu pelarut akan cenderung melarutkan senyawa yang mempunyai tingkat kepolaran yang sama.
3. Suhu
Perubahan suhu akan berpengaruh terhadap nilai Rf. Hal ini disebabkan karena perubahan suhu akan menyebabkan perubahan densitas dan kelarutan setiap senyawa yang terdapat dalam campuran sehingga terjadi perubahan koefisien partisi dan kecepatan alir.
4. Jenis Kertas (Whatman)
Tipe-tipe kertas Whatman biasanya mempunyai spesifikasi ukuran pori tersendiri. Pada umumnya, semakin  kecil ukuran pori maka kecepatan alir akan semakin lambat. Hal ini disebabkan karena semakin banyak molekul air yang terikat pada kertas saring, sehingga interaksi antara molekul-molekul polar dengan air akan makin besar dan menyebabkan perambatan lebih lambat.
Jenis Kromatografi Kertas Berdasarkan Mekanismenya
1. Ascending (naik)