Dikhianati Presidennya Sendiri
Tidak terelakkan, gaya kepemimpinan Luna menyebabkan akumulasi birokrat dan perwira sakit hati. Mereka telah merasakan dibentak, diancam, bahkan ditangkap karena tidak mematuhi perintah Luna. Itu harus dilakukan mengingat banyaknya orang-orang bermuka dua dan oportunis di tubuh pemerintah.
Pada tanggal 2 Juni 1899, Jenderal Luna menerima dua telegram. Yang pertama memintanya untuk membantu perlawanan di Pampanga. Yang kedua adalah dari Aguinaldo, yang memerintahkannya datang ke Kabanatuan, kira-kira 120 kilometer sebelah Utara Manila. Pemerintah berencana membentuk kabinet baru.
Memilih patuh kepada presidennya, Luna pergi ke ibukota darurat itu bersama 25 orang pilihannya. Karena ada masalah dengan transportasi, Luna tiba di istana presiden pada 5 Juni hanya ditemani dua orang perwira, yaitu Kolonel Roma dan Kapten Rusca.
Alih-alih bertemu dengan Aguinaldo atau anggota kabinet yang lain, ia ditemui oleh seorang musuh lamanya. Buencamino adalah seorang menteri yang pernah dihinanya karena dianggap pengecut. Orang itu memberitahu Luna bahwa rapat dibatalkan dan Aguinaldo sedang keluar kota. Marah, Luna langsung balik kanan. Tiba-tiba, di luar terdengar suara senapan menyalak.
Luna segera turun ke bawah untuk membentak tentara yang teledor menembak di lingkungan istana presiden itu. Tak dinyana, di bawah sudah menunggu komandan pasukan Kawit yang dulu ia demosi karena membangkang.
Perwira itu langsung membacok Luna dengan parangnya. Tentara yang lain segera mengepung Jenderal Besar yang sudah terluka. Luna mencoba membalas dengan pistolnya tetapi meleset. Pasukan liar itu pun beramai-ramai menumpahkan kekesalannya. Luna dicincang.
Tetap saja singa itu meronta. Bermandikan darah, ia berjuang untuk keluar dari halaman gedung. Roman dan Rusca berlari menolong, tetapi mereka segera disambut tembakan. Roman mati di tempat; Rusca terluka parah.
Rubuhlah Jenderal Luna; tenggelam dalam darahnya. Sebelum menerima kekalahannya, ia berseru kepada para pembunuhnya: "Pengecut!" Ia mati dalam usia 32 tahun. Dikubur sembarangan di sebuah halaman gereja terdekat.
Warisan Sang Jenderal
Kematian Luna seakan memeteraikan kekalahan Filipina. Sepeninggal Luna, Aguinaldo memecat para perwira dan orang-orang setia Luna dari angkatan bersenjata Filipina.
Sontak, pasukan Filipina mendapat kekalahan bertubi-tubi dari Amerika dan memaksa Aguinaldo mengungsi. Selama 18 bulan berikutnya ia terus berpindah-pindah mencari tempat sembunyi. Akhirnya, ia ditangkap pasukan Amerika pada 23 Maret 1901. Kurang dari setahun sejak pembunuhan Luna.
Jenderal Luna adalah lawan yang tangguh bagi armada Amerika. Bahkan, para perwira tinggi Amerika tidak sungkan memuji kejeniusan dan daya juangnya. Jenderal James Bell menulis bahwa Luna "adalah satu-satunya jenderal yang dimiliki angkatan bersenjata Filipina". Jenderal Frederick Funston, yang berhasil menangkap Aguinaldo di Palanan, menyebut Luna sebagai "pemimpin Republik Filipina yang paling layak dan paling agresif".
