 2. Selama sebelum dan sesudah Munir dibunuh setidaknya terdapat lebih dari 40 kali komunikasi telepon antara Muhdi dan Pollycarpus. Bahkan pada hari Munir dibunuh terdapat lima belas kali hubungan telepon Muhdi dangan Pollycarpus.
- Dari daftar kontak di komputer Muhdi yang disita dari kantor Muhdi ditemukan nama Polly.
- Pemberian rekomendasi kepada Polly sebagai personel pengamanan internal penerbangan Garuda Indonesia.
- Kesaksian mantan Direktur Perencanaan dan Pengendalian Operasi BIN ini, Budi Santoso : "Aktivitas Munir menyebabkan ketidaknyamanan dan mengganggu orang-orang di BIN." (BAP DICABUT)
- Menurut Budi Santoso di persidangan, ia pada 14 Juni 2004 memberikan uang kepada Polly Rp 10 juta atas perintah Muchdi. Namun kesaksian itu dibantah Polly dan mengaku tak mengenal Budi. (BAP DICABUT)
- Masih menurut Budi, "Aktivitas Munir menyebabkan ketidaknyamanan dan mengganggu orang-orang di BIN," ujar Budi dalam berita acara pemeriksaan. (BAP DICABUT)
- Pengakuan Muchdi atas kejanggalan di atas:
 1. Nomor telepon itu miliknya, biasa untuk mengontak teman dekat, namun tak pernah dipakai menelepon Polly karena sering ditinggal di mobil dan ada kemungkinan telepon itu dipakai orang lain. Tagihan telepon dibayar PT Barito Pacific Tower melalui Yohanes Hardian. 2. Ketika peristiwa itu terjadi ia sudah pensiun sebagai Deputi V BIN, hanya menjadi agen BIN. Ia sama sekali tak mengenal dan menganggap Munir berbahaya, tapi pernah minta Munir tak vokal lewat Adnan Buyung Nasution.
III. PRABOWO SUBIANTO
Penculikan aktivis 1997/1998 adalah peristiwa penghilangan orang secara paksa atau penculikan terhadap para aktivis pro-demokrasi yang terjadi menjelang pelaksanaan Pemilihan Umum (Pemilu) tahun 1997 dan Sidang Umum Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) tahun 1998.
Peristiwa penculikan ini dipastikan berlangsung dalam tiga tahap: Menjelang pemilu Mei 1997, dalam waktu dua bulan menjelang sidang MPR bulan Maret, sembilan di antara mereka yang diculik selama periode kedua dilepas dari kurungan dan muncul kembali. Beberapa di antara mereka berbicara secara terbuka mengenai pengalaman mereka. Tapi tak satu pun dari mereka yang diculik pada periode pertama dan ketiga muncul.
Selama periode 1997/1998, KONTRAS (Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan) mencatat 23 orang telah dihilangkan oleh alat-alat negara. Dari angka itu, 1 orang ditemukan meninggal (Leonardus Gilang), 9 orang dilepaskan penculiknya, dan 13 lainnya masih hilang hingga hari ini.
Sembilan aktivis yang dilepaskan adalah:
- Desmond Junaidi Mahesa, diculik di Lembaga Bantuan Hukum Nusantara, Jakarta, 4 Februari 1998.
- Haryanto Taslam.
- Pius Lustrilanang, diculik di panpan RSCM, 2 Februari 1998.
- Faisol Reza, diculik di RSCM setelah konferensi pers KNPD di YLBHI, Jakarta, 12 Maret 1998.
- Rahardjo Walujo Djati, diculik di RSCM setelah konferensi pers KNPD di YLBHI, Jakarta, 12 Maret 1998.
- Nezar Patria, diculik di Rumah Susun Klender, 13 Maret 1998.
- Aan Rusdianto, diculik di Rumah Susun Klender, 13 Maret 1998.
- Mugianto, diculik di Rumah Susun Klender, 13 Maret 1998.
- Andi Arief, diculik di Lampung, 28 Maret 1998.
Ke-13 aktivis yang masih hilang dan belum kembali berasal dari berbagai organisasi, seperti Partai Rakyat Demokratik, PDI Pro Mega, Mega Bintang, dan mahasiswa.
- Petrus Bima Anugrah (mahasiswa Unair dan STF Driyakara, aktivis SMID. Hilang di Jakarta pada 30 Maret 1998) [14]
- Herman Hendrawan (mahasiswa Unair, hilang setelah konferensi pers KNPD di YLBHI, Jakarta, 12 Maret 1998) [15]
- Suyat (aktivis SMID. Dia hilang di Solo pada 12 Februari 1998)
- Wiji Thukul (penyair, aktivis JAKER. Dia hilang diJakarta pada 10 Januari 1998) [16]
- Yani Afri (sopir, pendukung PDI Megawati, ikut koalisi Mega Bintang dalam Pemilu 1997, sempat ditahan di Makodim Jakarta Utara. Dia hilang di Jakarta pada 26 april 1997)
- Sonny (sopir, teman Yani Afri, pendukung PDI Megawati. Hilang diJakarta pada 26 April 1997)
- Dedi Hamdun (pengusaha, aktif di PPP dan dalam kampanye 1997 Mega-Bintang. Hilang di Jakarta pada 29 Mei 1997)
- Noval Al Katiri (pengusaha, teman Deddy Hamdun, aktivis PPP. Dia hilang di Jakarta pada 29 Mei 1997)
- Ismail (sopir Deddy Hamdun. Hilang di Jakarta pada 29 Mei 1997)
- Ucok Mundandar Siahaan (mahasiswa Perbanas, diculik saat kerusuhan 14 Mei 1998 di Jakarta)
- Hendra Hambali (siswa SMU, raib saat kerusuhan di Glodok, Jakarta, 15 Mei 1998)
- Yadin Muhidin (alumnus Sekolah Pelayaran, sempat ditahan Polres Jakarta Utara. Dia hilang di Jakarta pada 14 Mei 1998)
- Abdun Nasser (kontraktor, hilang saat kerusuhan 14 Mei 1998, Jakarta)
Adapun jumlah korban atas penghilangan orang tersebut adalah 1 orang terbunuh, 11 orang disiksa, 12 orang dianiaya, 23 orang dihilangkan secara paksa, dan 19 orang dirampas kemerdekaan fisiknya secara sewenang-wenang.
