Komandan berpangkat perwira menengah telah memimpin KRI Pasopati adalah :
- Mayor Laut (P) Yasin Sudirjo
- Sigit Joto Sudirjo Kapten Laut (P) 1962 -- 1965
- Susanto Mayor Laut (P) 1965 -- 1968
- Untung Sarwono Kapten (P) 1968 -- 1972
- Suntoro Mayor (P)
- Supatjitno Letkol Laut (P) 1977 -- 1978
- F.X. Murdijo Letkol Laut (P) 1978 -- 1979
- Hernowo Mayor Laut (P) 1979 -- 1980
- Bambang P.Bs Mayor Laut (P) 1980 --
- M. Jakfar Safii Letkol (P) 1980 -- 1981
- Bambang P.S. Letkol Laut (P) 1981 -- 1983
- Bambang Purwadi B.S. Letkol Laut (P) 1983 -- 1985
- Sarjun Murkama Letkol Laut (P) 1985 -- 1986
- Bambang Purnomo S. Letkol Laut (P) 1986 -- 1988
- Imam Zaki Mayor (P) 1986 -- 1989
RI Tjandrasa yang saat itu bernomor lambung 505, mendapat penghargaan Bintang Sakti dari pemerintah atas keberhasilannya mendaratkan satu regu pasukan khusus TNI AD (RPKAD/Resimen Para Komando Angkatan Darat) ke daratan Irian Barat pada tanggal 21 Agustus 1962. Saat itu RI Tjandrasa-505 (404), yang bertugas mendaratkan Tim-2 Detasemen Pasukan Chusus (DPC) RPKAD ke pantai teluk Tanah Merah Irian Barat.
Akibat kesulitan suku cadang dan besarnya biaya pemeliharaan, Pada tahun 1972 KRI Tjakra dan Nanggala tidak digunakan lagi. Tahun 1974 giliran KRI Alugoro, Hedradjala, Nagarangsang, Tjandrasa, Tjundamani, Trisula dan Widjajanu yang dinonaktifkan. Tahun 1980 KRI Nagabanda tidak digunakan lagi.Â
Sedangkan KRI Bramastra di non-aktifkan tahun 1986. Tahun 1990 kapal selam kelas W terakhir yang tidak digunakan lagi, adalah KRI Pasopati. Pada tanggal 27 Juni 1998 Pasopati diabadikan sebagai Monumen Kapal Selam (Monkasel) di Surabaya guna mengenang jasa-jasa pengabdian kapal-kapal selam kelas W.
Untuk senjata yang memiliki daya hancur dan daya tangkal yang tinggi, tentunya dibutuhkan biaya pemeliharaan yang tinggi pula berdasarkan life net (jaring kehidupan) kapal meliputi Jadwal Olah Pemeliharaan (JOP) dan Jadwal Olah Guna (JOG), dengan gelar kekuatan 40% jumlah kapal operasi, 60% di pangkalan dimana 30% latihan (L1 sd L4) dan 30% kapal melaksanakan perawatan dan pemeliharaan.
JOP dan JOG tersebut harus mengikuti Plan Maintenance System (PMS) dan Integrated Logistic Support System (ILS). Untuk Kapal Selam dilakukan retrofit (perbaikan menyeluruh) setiap 10 (sepuluh) tahun dalam rangka pengujian badan tekan. Perbaikan jenis kapal perang ini tidak dapat dilakukan per bagian tetapi menyeluruh. Karena sparepart yang terlihat kasat mata baik, tetapi harus sudah diganti sesuai umur/masa pakainya.
Setelah 12 kapal selam itu pensiun, penguatan matra laut kehadiran kapal selam pada tahun 1981, kapal selam tipe U-209 Class 1300 dengan nama KRI Cakra 401, pada tahun 1982, KRI  Nanggala 402 dari German, dari tahun  2017 hingga sekarang,  Indonesia kehadiran kapal selam tipe 209 Class 1400, KRI Nagapasa 403 dan KRI Ardadeli dari Korea Selatan.Â
Dengan pengabdian 12 Kapal Selam Satuan Hiu Kencana sudah saatnya momentum kebangkitan kapal selam di Indonesia untuk bangkit kembali Wira Anata Rudira.
Peranan 12 Kapal Selam Dalam Operasi Djajawijaja
Keputusan Presiden No.1 Tahun 1962 tentang pembentukan "Komando Mandala Pembebasan Irian Barat" yang dipimpin oleh Mayjen Soeharto sebagai Panglima Mandala dengan Kolonel Laut Soedomo sebagai panglima Komando AL Mandala. Operasi Militer ini dibentuk setelah 12 tahun upaya perundingan diupayakan untuk pembebasan Irian Barat, namun belum ada hasil. Tindakan ini bukan hanya semata-mata upaya diplomasi melainkan strategic maneuver.
Armada laut bukan hanya terdiri dari kapal perang diatas air, melainkan dilengkapi 12 kapal selam yang digelar dalam 2 garis lingkar. Enam kapal selam di garis lingkar dalam (Operasi Tjakra dengan unsur KRI Tjakra, Nanggala, Nagabanda, Trisula, Tjandrasa, dan Nagarangsang) Â yang bertugas untuk penyerangan dan pendaratan. Enam kapal selam berada di garis luar (operasi Alugoro dengan unsur KRI Alugoro, Bramasta, Hendradjaja, Pasopati, Tjundamanik, dan Widjajandanu).